劳动合同中明确将年休假、法定节假日工资包含在工资总额内，是符合法律规定的，但需注意具体计算与支付方式需合规。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律对年休假与法定节假日工资的规定
年休假工资：
- 根据《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 若单位因工作需要不能安排职工休年休假，经职工本人同意后，可不安排，但对于职工应休未休的年休假天数，单位应按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬（此报酬包含用人单位已支付的正常工作期间的工资收入）。
法定节假日工资：
- 法定节假日是劳动者依法享受的休息日，但若因工作需要安排劳动者在法定节假日工作的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。
- 法定节假日工资通常已包含在劳动者的月工资总额中，但当日在岗工作时，用人单位需额外支付两倍的日工资作为加班费（因月工资中已包含一倍的正常工资）。
二、劳动合同中工资构成的合法性
工资总额构成：
- 劳动合同中约定的工资总额可以包含多种工资项目，如基本工资、绩效工资、奖金、津贴等。
- 年休假工资和法定节假日工资作为劳动者应享有的权益，其支付方式可以体现在工资总额中，但需确保实际支付时符合上述法律规定。
合法性判断：
- 若劳动合同中明确约定工资总额包含年休假工资和法定节假日工资，且在实际支付时能够确保劳动者在年休假和法定节假日期间获得符合法律规定的工资报酬，则该约定是合法的。
- 但若劳动合同中的约定导致劳动者在年休假或法定节假日期间实际获得的工资报酬低于法律规定标准，则该约定可能因违法而无效。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：
- 在劳动合同中应明确约定工资总额的具体构成，包括是否包含年休假工资和法定节假日工资。
- 若包含，应进一步明确计算方式和支付时间，以避免后续争议。
合规支付：
- 用人单位在实际支付工资时，应确保年休假工资和法定节假日工资的支付符合法律规定。
- 对于应休未休的年休假，应及时支付相应的工资报酬；对于法定节假日在岗工作的劳动者，应支付额外的加班费。
保留证据：
- 劳动者应保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等。
- 在发生争议时，这些证据将有助于维护劳动者的合法权益。
四、法律后果与风险提示
法律后果：
- 若用人单位未按照法律规定支付年休假工资和法定节假日工资，劳动者有权向劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁。
- 用人单位可能面临责令限期改正、支付年休假工资报酬及赔偿金等法律后果。
风险提示：
- 劳动者在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，确保自己的合法权益得到保障。
- 用人单位在制定劳动合同和工资支付制度时应严格遵守法律规定，避免因违法而承担法律责任。
总结来看，劳动合同中明确将年休假、法定节假日工资包含在工资总额内是合法的，但需确保实际支付时符合法律规定。在实际操作中，用人单位和劳动者应明确约定、合规支付并保留好相关证据，以避免后续争议和法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。