公司以员工做手术不在三甲医院做为由，在医疗期内不给报销相关费用，这一行为是否违法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位与劳动者签订的劳动合同以及依法制定的规章制度，对双方均具有约束力。若公司规章制度或劳动合同中明确规定了医疗费用的报销范围、报销条件，且特别指出手术必须在三甲医院进行才能报销，而员工未遵守此规定，那么公司在此情况下不给报销，可能并不违法。但这一规定必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，否则可能因违反法律法规或公平原则而被认定为无效。
   • 法律建议：员工应仔细审查公司规章制度和劳动合同，确认其中是否有此类明确规定，并评估其合法性和合理性。若认为规定不合法或不合理，可与公司协商或寻求法律途径解决。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 在没有明确规定的情况下，公司以手术不在三甲医院做为由拒绝报销医疗费用，可能缺乏合法依据。根据劳动法的基本原则，员工在医疗期内享有相应的医疗待遇，包括医疗费用的报销。公司无正当理由拒绝报销，可能构成对员工合法权益的侵害。
   • 法律建议：员工可先与公司进行沟通协商，要求公司按照法律规定或行业惯例报销医疗费用。若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

3. 从医疗质量和报销合理性的角度：

   • 无论手术是否在三甲医院进行，医疗质量和报销合理性都是需要考虑的因素。如果手术在非三甲医院进行但医疗质量得到保障，且费用合理，那么公司拒绝报销可能缺乏合理性。反之，如果手术在非三甲医院进行且医疗质量存在问题，或者费用明显不合理，那么公司拒绝报销可能具有一定的合理性。但这一合理性并不能成为公司违反法律法规或劳动合同规定的借口。
   • 法律建议：员工在手术前应充分了解医院的资质和医疗水平，选择合适的医院进行手术。同时，保留好相关的医疗费用票据和诊断证明等证据，以便在需要时维护自己的权益。

总结与进一步行动建议：

• 员工应首先审查公司规章制度和劳动合同中关于医疗费用报销的规定。
• 若规定合法合理且明确，员工需遵守；若认为规定不合法或不合理，可与公司协商或寻求法律途径。
• 若无明确规定，员工可要求公司按照法律规定或行业惯例报销医疗费用，协商无果可投诉或申请劳动仲裁。
• 在整个过程中，员工应保留好相关证据，以便在需要时提供证明。

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