针对您提出的“员工患病医疗期三个月，但实际员工需要休六个月”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
首先，我们需要明确医疗期的计算规则。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》(劳部发[1994]479号)的相关规定，医疗期的长短是根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定的。对于实际工作年限十年以下，且在本单位工作年限五年以下的员工，医疗期为三个月；而五年以上的员工，医疗期则为六个月。但这里提到的医疗期，是指在一个特定的计算周期内（如六个月内）可以累计病休的时间。
具体来说，医疗期三个月的，是按六个月内累计病休时间计算；医疗期六个月的，则是按十二个月内累计病休时间计算。这意味着，如果员工在规定的计算周期内累计病休天数未达到医疗期上限，但后续仍需要继续治疗，那么就需要考虑是否延长医疗期。
针对您的情况，如果员工原本的医疗期是三个月（即六个月内累计病休不超过三个月的工作日，但按自然日计算可能接近或超过三个月，因为未剔除国家法定休假日、休息日），但实际需要休六个月，那么：
判断医疗期是否已满：首先，要确认员工在六个月内是否已经累计病休满了三个月的工作日（按实际工作日计算，非自然日）。如果已满，则原则上医疗期已结束。
考虑延长医疗期：如果医疗期已满，但员工病情仍未痊愈，需要继续治疗，那么可以根据相关规定申请延长医疗期。特别是对于某些患特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）的职工，在24个月内尚不能痊愈的，经企业和当地劳动部门批准，可以适当延长医疗期。
与企业协商：在申请延长医疗期之前，建议员工先与企业进行沟通协商，说明病情和治疗需要，争取企业的理解和支持。
遵循法律依据：整个过程中，应严格遵循《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》等相关法律法规的规定。
综上所述，如果员工原本的医疗期是三个月，但实际需要休六个月，那么应首先判断医疗期是否已满，然后考虑是否申请延长医疗期，并与企业进行充分沟通协商，同时遵循相关法律法规的规定。