核心结论：公司员工生病需请假3个月，公司应依法依规处理，既要保障员工医疗期权益，也要维护公司正常运营秩序。具体处理方式需结合员工工龄、病假证明真实性、公司规章制度等因素综合判断，以下分情况说明：

1. 确认员工医疗期时长

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工工龄及在本单位工作年限挂钩：

• 实际工作年限10年以下：在本单位工作年限5年以下的，医疗期为3个月；5年以上的为6个月。
• 实际工作年限10年以上：在本单位工作年限5年以下的为6个月，5-10年的为9个月，10-15年的为12个月，15-20年的为18个月，20年以上的为24个月。

若员工符合3个月医疗期条件，公司应批准病假；若超出法定医疗期，公司可依据规章制度处理（如要求返岗或解除劳动合同，但需支付经济补偿）。

2. 审核病假证明真实性

公司有权要求员工提供医疗机构出具的病假证明（如诊断书、病历、缴费凭证等），并可通过以下方式核实：

• 联系医疗机构确认诊断真实性；
• 要求员工补充提供检查报告、用药记录等辅助材料；
• 对频繁请病假或疑似虚假病假的员工，可委托第三方机构调查。

若病假证明虚假，公司可依据《劳动合同法》第39条以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

3. 支付病假工资

根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，员工医疗期内，公司应按以下标准支付病假工资：

• 连续工龄不满2年：按本人工资的60%支付；
• 连续工龄满2年不满4年：按70%支付；
• 连续工龄满4年不满6年：按80%支付；
• 连续工龄满6年不满8年：按90%支付；
• 连续工龄满8年及以上：按100%支付。

病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，且不得低于公司规章制度规定的最低标准。

4. 处理医疗期满后的劳动关系

若员工医疗期满后仍无法返岗工作，公司需按以下步骤处理：

1. 安排劳动能力鉴定：委托劳动能力鉴定委员会评估员工是否丧失劳动能力；
2. 协商调整岗位：若员工部分丧失劳动能力，可协商调整至适合岗位；
3. 解除劳动合同：若员工完全丧失劳动能力或拒绝调岗，公司可提前30日书面通知（或支付1个月工资代通知金），并支付经济补偿（工作年限×月工资）后解除合同。

5. 完善公司规章制度

为避免纠纷，公司应制定书面《病假管理制度》，明确：

• 病假申请流程（如提前报备、提交材料时限）；
• 病假证明要求（如指定医疗机构、证明形式）；
• 虚假病假的处罚措施（如警告、解除合同）；
• 病假工资计算标准及支付方式。

制度需经民主程序制定并公示（如员工签字确认、邮件通知），否则可能被认定为无效。

6. 特殊情形处理

• 患癌症等重大疾病：部分地区（如上海）规定，此类员工医疗期可适当延长；
• 三期女职工：孕期、产期、哺乳期女职工医疗期顺延至相应情形结束；
• 工伤员工：按《工伤保险条例》享受停工留薪期，待遇高于普通病假。

建议：公司可要求员工定期提交病情进展说明，或安排人员陪同复查，既体现人文关怀，也可防范道德风险。若对具体操作有疑问，可直接向我咨询。