员工请长假3个月，公司需要依据法律法规和内部规章制度来妥善处理。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、法律法规角度
病假与医疗期：
- 如果员工因病需要请假3个月，这通常涉及到医疗期的问题。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，一般为3个月到24个月不等。
- 在医疗期内，公司不得解除劳动合同，且需要按照规定支付员工病假工资或疾病救济费。
事假与年假：
- 如果员工请的是事假，公司有权根据内部规章制度来决定是否批准。事假期间，公司通常不支付工资。
- 如果员工有未休完的年假，且符合休年假的条件，公司应当安排员工休年假。年假期间，员工享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、公司内部规章制度角度
请假流程：
- 公司应当制定明确的请假流程，包括请假申请、审批、备案等环节。员工需要按照流程提交请假申请，并提供相关证明材料（如病假证明）。
- 公司应当及时审批员工的请假申请，并在批准后通知员工。如果公司不批准员工的请假申请，应当说明理由。
请假期间的待遇：
- 公司可以在内部规章制度中规定请假期间的待遇，如病假工资、事假无薪等。这些规定应当符合法律法规的要求，不得侵犯员工的合法权益。
三、实际操作建议
与员工沟通：
- 在员工提出请长假申请后，公司应当与员工进行沟通，了解请假的具体原因和期限。如果员工因病需要请假，公司可以要求员工提供病假证明。
- 公司可以与员工协商调整请假期限或工作方式（如远程办公），以尽量减少对工作的影响。
依法处理：
- 如果员工请长假符合法律法规和公司内部规章制度的要求，公司应当依法批准并支付相应的待遇。
- 如果员工请长假不符合要求或未经批准擅自离岗，公司可以依据内部规章制度进行处理，如警告、扣发工资、解除劳动合同等。但需要注意的是，处理方式应当合法合规，不得侵犯员工的合法权益。
完善规章制度：
- 公司应当定期审查和完善内部规章制度，确保请假流程、待遇规定等符合法律法规的要求。
- 公司可以加强对员工的法律法规培训，提高员工的法律意识和合规意识。
总结来看，员工请长假3个月是一个需要综合考虑法律法规、公司内部规章制度和实际情况的问题。公司需要依法处理员工的请假申请，并确保处理方式合法合规、公平公正。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。