结论：员工请假一个月里只来了3天，这种情况需要结合公司的规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合处理。以下是从不同角度给出的分析和建议。

一、公司规章制度与劳动合同的角度

1. 规章制度：

   • 公司应首先查阅其内部的规章制度，特别是关于请假、旷工以及相应处罚措施的规定。
   • 如果规章制度中明确规定了请假流程、请假期限以及未按规定请假或旷工的处罚措施，那么公司可以依据这些规定来处理员工的情况。

2. 劳动合同：

   • 劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的法律文件。
   • 如果劳动合同中有关于请假、旷工以及违约责任的条款，公司也可以依据这些条款来处理。

二、法律法规的角度

1. 旷工处理：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工旷工达到一定天数，公司有权解除劳动合同。但具体天数和解除条件需依据公司规章制度和劳动合同来确定。
   • 在处理旷工情况时，公司应确保程序合法，如提前通知员工、听取员工申辩等，以避免因程序不当而引发的法律纠纷。

2. 请假制度：

   • 公司应建立合理的请假制度，明确请假的流程、期限以及审批权限等。
   • 如果员工未按照请假制度办理请假手续，公司可以视为旷工处理，但同样需要确保程序的合法性和合理性。

三、具体处理建议

1. 核实情况：

   • 公司应首先核实员工请假一个月里只来了3天的具体情况，包括请假原因、请假是否经过审批等。

2. 沟通协商：

   • 在核实情况后，公司应与员工进行沟通协商，了解员工的想法和需求，尝试找到解决问题的最佳方案。
   • 如果员工有合理的请假原因，且符合公司规章制度和劳动合同的规定，公司可以考虑给予一定的宽限或调整。

3. 依据规定处理：

   • 如果员工无正当理由未按照请假制度办理请假手续，且旷工天数达到公司规章制度或劳动合同规定的解除条件，公司可以依法解除劳动合同。
   • 在处理过程中，公司应确保程序的合法性和合理性，避免因处理不当而引发的法律纠纷。

4. 记录与存档：

   • 无论处理结果如何，公司都应将相关情况记录在案，并妥善存档，以备后续查询和参考。

四、注意事项

• 程序合法：公司在处理员工请假和旷工情况时，必须确保程序的合法性和合理性，避免因程序不当而引发的法律纠纷。
• 沟通协商：在处理过程中，公司应积极与员工进行沟通协商，尝试找到解决问题的最佳方案，以维护良好的劳动关系。
• 规章制度完善：公司应不断完善其规章制度和劳动合同，明确请假的流程、期限以及旷工的处罚措施等，以减少类似情况的发生。

最后，如果公司在处理员工请假和旷工情况时遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据公司的具体情况和法律法规的要求，给出专业的法律意见和建议。