结论：公司只给三个月病假而医生开了六个月病假的情况，可能涉及公司规章制度与医疗证明的不一致。您可以先尝试与公司协商，若协商无果，可依据相关法律法规，通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。

详细分析：

1. 医疗证明的法律效力：

   • 医生开具的病假证明是具有法律效力的医疗文件，它证明了您因疾病或伤害需要休息的时间。公司应当尊重并认可这一医疗证明，除非有充分的理由和证据表明该证明不真实或不合理。

2. 公司规章制度的适用性：

   • 公司可能有自己的病假管理制度，规定病假的最长时限或审批流程。然而，这些规章制度不能违反法律法规的强制性规定，也不能无视医疗证明的真实性和合理性。如果公司的规章制度与医疗证明相冲突，且没有合法合理的依据，那么这些规章制度在法律上可能是无效的。

3. 协商与沟通：

   • 在遇到这种情况时，我建议您首先与公司进行协商和沟通。您可以向公司人力资源部门或相关负责人出示医生的病假证明，并解释您需要休息的原因和时长。如果公司坚持只给三个月病假，您可以要求公司给出合理的解释和依据。

4. 劳动仲裁与法律途径：

   • 如果协商无果，您可以考虑通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。根据《劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司按照医生的病假证明给予您相应的病假待遇。在仲裁过程中，您需要提供医生的病假证明、公司的规章制度、与公司的沟通记录等相关证据来支持自己的主张。

5. 注意事项：

   • 在处理这类问题时，您需要注意保留好所有相关的证据和文件，如医生的病假证明、公司的规章制度、与公司的沟通记录等。这些证据和文件将在后续的协商或仲裁过程中发挥重要作用。
   • 同时，您也需要了解并遵守相关的法律法规和程序要求，以确保自己的权益得到合法有效的维护。

建议行动：

• 首先，再次与公司进行协商，明确表达您的需求和理由，并出示医生的病假证明。
• 如果协商无果，您可以咨询当地的劳动争议仲裁委员会或相关法律机构，了解具体的仲裁流程和要求。
• 在准备仲裁材料时，确保收集并整理好所有相关的证据和文件。
• 最后，根据仲裁结果或法律建议，采取相应的行动来维护自己的合法权益。

如果您在处理这类问题时遇到任何困难或疑问，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。