针对您提出的“国企水务公司职工长期打卡不上班能不能将其开除”的问题，这是一个涉及员工行为、公司规章制度以及相关法律法规的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，国企水务公司作为用人单位，其员工的行为应当遵循公司的规章制度以及国家的相关法律法规。对于长期打卡不上班的行为，这显然违反了公司关于工作纪律和岗位职责的基本要求。

一、员工行为的具体分析

1. 长期不上班的性质：

   • 长期打卡不上班，若非因健康、家庭等合理原因，且未经公司批准，则构成旷工行为。旷工是严重违反公司规章制度的行为，可能对公司运营造成负面影响。

2. 员工的主观意图：

   • 若员工是故意不上班，以逃避工作职责，这进一步体现了其工作态度的恶劣，公司有权对此类行为进行严肃处理。

二、公司的规章制度与处理依据

1. 规章制度的内容：

   • 国企水务公司通常会制定详细的员工规章制度，其中明确规定了员工的出勤要求、工作纪律以及违反规章制度的后果。长期不上班很可能违反了这些规定。

2. 处理依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，公司有权依据此条款对长期不上班的员工进行开除处理。

三、处理程序与注意事项

1. 处理程序：

   • 公司在处理此类问题时，应遵循合法的程序，包括通知员工、进行调查取证、给予员工陈述申辩的机会等。确保处理过程的公正性和透明度。

2. 注意事项：

   • 公司在决定开除员工前，应确保有充分的证据证明员工确实存在长期不上班的行为，且该行为严重违反了公司的规章制度。
   • 公司应尊重员工的合法权益，包括给予员工合理的申辩机会，并告知其相关的法律救济途径。

四、综合判断与结论

综上所述，国企水务公司职工长期打卡不上班，若该行为严重违反了公司的规章制度，且公司能够提供充分的证据证明这一点，同时遵循了合法的处理程序，那么公司是有权将其开除的。然而，在处理过程中，公司必须确保程序的合法性和公正性，以保障员工的合法权益不受侵害。

因此，对于您提出的问题，答案是：在符合相关法律法规和公司规章制度的前提下，国企水务公司有权对长期打卡不上班的员工进行开除处理。