在合同中主体与盖章不一致的情况下，应根据具体情况判断起诉对象。以下是对此问题的详细分析：
表见代理情形：
- 当盖章的一方具有足以让相对人（如合同另一方）相信其有代理权的表象时（例如持有授权委托书、长期代表合同主体签订合同等），即便盖章主体与合同注明的主体不一致，该代理行为仍可能被视为有效。此时，应将合同注明的主体列为被告，因为相对人是基于合理信赖与之订立合同，后果应由被代理人（即合同中的主体）承担。
无权代理且不构成表见代理：
- 若盖章主体未得到合同注明主体的授权，且不符合表见代理的条件，则其实际上是以自己名义实施行为。在此情况下，应将盖章的主体列为被告，因为其行为属于无权代理，需自行承担责任。
存在合同债务转让等特殊约定：
- 如果合同中明确约定债务或权利义务已转移给盖章方，那么盖章方应成为权利义务的实际承担者。因此，应以盖章方作为被告。
存在共同责任：
- 若能证明合同注明的主体和盖章方对于合同的履行等有共同的意愿（例如共同参与合同协商、实际都从合同履行中获益等），则可将二者列为共同被告，要求他们承担连带责任。
处理建议：
- 全面收集证据：无论采取何种法律行动，都应全面收集相关证据，包括合同文本、沟通记录、履行凭证、交易记录等。这些证据将有助于证明合同关系以及确定责任主体。
- 明确诉讼请求：在决定起诉前，应明确诉讼请求和事实理由，并准备好起诉状和相关证据材料。确保起诉符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的条件。
- 提起诉讼：根据具体情况选择合适的被告，向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。如果书写起诉状确有困难，可以口头起诉并由人民法院记入笔录并告知对方当事人。
法律后果：
- 如果法院认定存在合同欺诈或其他违法行为，受害人有权请求法院撤销合同，并要求责任方承担相应的法律责任。这可能包括返还财产、折价补偿以及赔偿损失等。
在处理此类问题时，务必遵循相关法律法规的规定，确保法律行动的合法性和有效性。如果遇到合同主体与盖章不一致的情况，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。