在合同中甲方与盖章主体不一致时，确定责任主体及起诉对象需根据具体情况判断，以下是详细分析：
表见代理情形：
- 若盖章的一方具有足以让相对人（如乙方）相信其有代理权的表象，例如持有授权委托书、长期代表甲方签订合同等，即便盖章主体与合同注明的甲方不一致，该代理行为仍有效。此时，应将合同注明的甲方列为被告，因为相对人是基于合理信赖与之订立合同，后果应由被代理人（即合同中的甲方）承担。例如，某公司员工长期以公司名义对外签订合同，且持有公司盖章的空白合同，后该员工以公司名义与第三方签订合同并加盖个人私章，此时第三方有理由相信该员工有代理权，合同对公司具有约束力。
无权代理且不构成表见代理：
- 若盖章主体未得到甲方授权，且不符合表见代理的条件，则其实际上是以自己名义实施行为。在此情况下，应将盖章的主体列为被告，因为其行为属于无权代理，需自行承担责任。比如，某个人未经公司授权，私自以公司名义与他人签订合同并加盖个人私章，此时合同对公司不发生效力，应由该个人承担责任。
存在合同债务转让等特殊约定：
- 如果合同中明确约定债务或权利义务已转移给盖章方，那么盖章方应成为权利义务的实际承担者。因此，应以盖章方作为被告。例如，合同中约定“甲方将本合同项下的全部债务转让给丙方，丙方同意承担”，此时若发生纠纷，应以丙方为被告。
存在共同责任：
- 若能证明合同注明的甲方和盖章方对于合同的履行等有共同的意愿，如共同参与合同协商、实际都从合同履行中获益等，则可将二者列为共同被告，要求他们承担连带责任。比如，在建设工程领域，可能存在个人或单位挂靠在有资质的企业名下从事经营活动的情况，若合同由挂靠人签订并盖章，但被挂靠企业收取管理费或其他利益，则可能被视为共同诉讼人，原告可将挂靠人和被挂靠企业列为共同被告提起诉讼。
处理建议：
- 协商修改：在发现甲方与盖章不一致的情况后，首先尝试与对方协商修改合同或变更合同内容，以明确合同主体，这有助于避免后续的法律纠纷。
- 全面收集证据：无论采取何种法律行动，都应全面收集相关证据，包括合同文本、沟通记录、履行凭证、交易记录等，这些证据将有助于证明合同关系以及确定责任主体。
- 起诉准备：在决定起诉前，应明确诉讼请求和事实理由，并准备好起诉状和相关证据材料，确保起诉符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的条件。
- 提起诉讼：根据具体情况选择合适的被告，向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。如果书写起诉状确有困难，可以口头起诉并由人民法院记入笔录并告知对方当事人。
- 法律后果：如果法院认定存在合同欺诈或其他违法行为，受害人有权请求法院撤销合同，并要求责任方承担相应的法律责任，这可能包括返还财产、折价补偿以及赔偿损失等。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第四百九十条：当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
- 《中华人民共和国民法典》第五百零二条：依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
- 《中华人民共和国民法典》第五百七十七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十二条：下列情形，以行为人为当事人：（一）法人或者其他组织应登记而未登记即以法人或者其他组织名义进行民事活动；（二）行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义进行民事活动，但相对人有理由相信行为人有代理权的除外；（三）法人或者其他组织依法终止后，行为人仍以其名义进行民事活动。
综上所述，当合同中甲方与盖章主体不一致时，应仔细分析具体情况，确定合适的起诉对象，并全面收集证据以维护自身合法权益。在处理此类问题时，务必遵循相关法律法规的规定，确保法律行动的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。