在双方合同不一致的情况下，通常以实际履行的合同为准，但还需结合合同签订时间、内容明确性、备案情况以及双方的真实意思表示等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、以实际履行的合同为准的原则
法律依据与实务操作：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法实践，当两份合同内容不一致且双方均签字或盖章时，若无法确定哪份合同是双方的真实意思表示，通常以实际履行的合同为准。这是因为实际履行的合同反映了双方在合同履行过程中的真实意愿和行为。
- 举例：假设甲乙双方签订了两份买卖合同，一份约定了较高的价格，另一份约定了较低的价格，但双方在实际交易中一直按照较低价格履行，那么在实际发生争议时，通常会以实际履行的那份低价合同为准。
实践应用中的考量：
- 在实际操作中，法院或仲裁机构会审查双方的实际履行情况，包括但不限于付款记录、交货记录、服务提供情况等，以确定哪份合同是双方实际遵循的。
二、其他考虑因素
合同签订时间：
- 如果两份合同签订时间有先后之分，且后签订的合同对先签订的合同内容进行了变更，那么在没有特别约定的情况下，后签订的合同可能具有更高的效力。但需注意，这种变更不得违反法律法规的强制性规定。
- 举例：甲乙双方先签订了一份合同，后来又签订了一份补充协议对原合同进行了修改，那么在补充协议不违反法律强制性规定的前提下，应以补充协议为准。
合同内容的明确性和具体性：
- 如果其中一份合同的内容更加明确、具体，而另一份合同则相对模糊、笼统，那么在发生争议时，内容明确、具体的合同可能更容易被采纳为判断依据。
- 举例：一份合同详细列出了产品的规格、数量、价格、交货时间等，而另一份合同则只简单提及了产品名称和总价，那么在争议解决时，详细列出的合同条款可能更具说服力。
备案或公示情况：
- 在某些情况下，经过备案或公示的合同可能具有更强的证明力。例如，如果一份合同已经向相关部门备案或在企业内部进行了公示，而另一份合同没有，那么备案或公示的合同可能在争议解决中占据更有利的地位。
双方的真实意思表示：
- 法院或仲裁机构在判断以哪份合同为准时，还会考虑双方的真实意思表示。如果能够通过其他证据（如邮件、聊天记录等）证明双方在签订合同时的真实意愿，那么这些证据也可能成为判断依据。
三、法律建议与风险提示
保留证据：
- 无论是哪方，都应妥善保管自己的合同及相关证据，包括但不限于合同原件、付款记录、交货记录、沟通记录等，以便在发生争议时及时提供证明。
明确合同条款：
- 在签订合同时，应尽量明确、具体地约定合同条款，避免使用模糊、笼统的语言，以减少争议的发生。
及时沟通协商：
- 如果发现合同内容不一致或存在其他问题，双方应及时进行沟通协商，以达成共识并修改合同条款。
寻求法律帮助：
- 如果争议无法通过协商解决，可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，处理双方合同不一致的问题时，应综合考虑实际履行情况、合同签订时间、内容明确性、备案情况以及双方的真实意思表示等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。