当劳动合同不一致时，通常以实际履行的那份合同为准，但还需结合合同签订时间、内容明确性、备案情况以及是否有利于劳动者等因素进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、以实际履行的合同为准的原则
法律依据与解释：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，当两份劳动合同内容不一致且双方均签字或盖章时，若无法确定哪份合同是真实意思表示，通常以实际履行的合同为准。这是因为实际履行的合同反映了双方在实际操作中的真实意愿和行为。
实践应用：
- 在实际操作中，如果劳动者和用人单位在履行过程中遵循了其中一份合同的约定，如工资标准、工作岗位、工作时间等，那么这份合同通常被视为双方的真实意思表示，应作为处理劳动争议的依据。例如，如果双方实际按照一份未备案但明确约定了高薪的合同履行，而另一份备案合同工资标准较低，那么在争议解决时，通常会以实际履行的高薪合同为准。
二、其他考虑因素
合同签订时间：
- 如果两份合同签订时间有先后之分，且后签订的合同对先签订的合同内容进行了变更，那么在没有特别约定的情况下，后签订的合同可能具有更高的效力。但需注意，这种变更不得违反法律法规的强制性规定，如不得降低劳动者的基本工资标准等。
合同内容的明确性和具体性：
- 如果其中一份合同的内容更加明确、具体，而另一份合同则相对模糊、笼统，那么在发生争议时，内容明确、具体的合同可能更容易被采纳为判断依据。因为明确的合同条款更有助于确定双方的权利和义务。
备案或公示情况：
- 在某些情况下，经过备案或公示的合同可能具有更强的证明力。例如，如果一份合同已经向相关部门备案或在企业内部进行了公示，而另一份合同没有，那么备案或公示的合同可能在争议解决中占据更有利的地位。但这并非绝对，仍需结合其他因素进行综合判断。
劳动者的权益保护：
- 在处理此类争议时，法院或仲裁机构通常会优先考虑保护劳动者的合法权益。因此，如果两份合同的不一致之处涉及到劳动者的切身利益，如工资待遇、工作时间、休息休假等，那么可能会倾向于采纳更有利于劳动者的合同条款。
三、特殊情况处理
合同变更的合法性：
- 经双方协商一致且符合法律规定的合同变更，应以变更后的合同为准。例如，双方通过协商一致提高了劳动者的工资标准，并签订了变更协议，那么在争议解决时，应以变更后的高工资标准为准。
非实质性内容差异：
- 对于仅涉及格式、排版等非实质性内容的差异，不影响合同主要条款和双方权利义务的，可以任选一份为准。但建议尽量统一合同格式和排版，以避免不必要的争议。
四、法律途径与解决方案
协商解决：
- 双方应首先尝试通过友好协商解决合同不一致的问题。这有助于维护双方的关系，并降低解决争议的成本。
投诉或仲裁：
- 协商无果时，劳动者可以向劳动监管部门投诉，或直接申请劳动仲裁。仲裁机构将依据事实和法律进行裁决，以确定以哪份合同为准。
诉讼解决：
- 对仲裁裁决不服的，劳动者可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的合法权益。法院将根据相关法律法规和证据材料进行审理，并作出最终判决。
五、注意事项
保留证据：
- 劳动者应妥善保管自己的劳动合同及相关证据，如工资条、工作记录等，以便在发生争议时及时提供证明。
了解法律法规：
- 劳动者应熟悉相关的劳动法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。在签订劳动合同时，也应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
总结来说，当劳动合同不一致时，应首先判断合同是否存在无效情形；若均有效，则以后签订的合同或实际履行的合同为准；若无法确定签订顺序或实际履行与合同约定不符，则结合合同内容的明确性、备案情况以及是否有利于劳动者等因素进行综合判断。在处理此类争议时，建议双方尽量通过协商解决；协商无果时，可寻求法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。