结论是：两处取得工资，公司有可能会发现，但这取决于多种因素，包括公司的管理方式、税务申报情况以及是否存在利益冲突等。以下从不同角度进行分析：
一、公司管理角度
内部核查机制：
- 大型公司或管理规范的公司，通常会有严格的内部核查机制，包括工资发放记录的核对、员工考勤与工作量的匹配等。如果员工在两处公司都领取工资，且工作量或考勤记录存在明显不合理之处，公司可能会进行调查并发现这一情况。
利益冲突审查：
- 许多公司在招聘或员工晋升时，会进行利益冲突审查。如果员工在两处公司存在利益关联（如同时担任两家公司的关键职位），且未向公司申报，这可能构成利益冲突，公司有权进行调查并采取相应措施。
二、税务申报角度
个人所得税申报：
- 根据《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》，纳税人有两处以上任职、受雇单位的，需要选择向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报。这意味着，如果员工在两处公司都领取工资，其个人所得税申报记录中会体现这一信息。税务机关在核查时，有可能发现员工在两处公司领取工资的情况。
税务稽查风险：
- 如果员工在两处公司领取工资，但未按照规定进行个人所得税申报或缴纳，可能面临税务稽查的风险。税务机关在稽查过程中，会核查员工的工资收入情况，包括是否在多处领取工资等。
三、法律合规角度
劳动合同约定：
- 如果员工与两处公司都签订了劳动合同，且劳动合同中明确约定了员工不得在其他公司兼职或领取工资，那么员工在两处领取工资的行为可能构成违约。公司有权依据劳动合同的约定，采取相应的法律措施。
劳动法规限制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的，用人单位可以解除劳动合同。这意味着，如果员工在两处公司领取工资，且对其中一家公司的工作造成了严重影响，那么该公司有权解除与员工的劳动合同。
建议与风险提示
如实申报：
- 如果员工确实需要在两处公司领取工资，建议如实向公司申报，并遵守公司的相关规定和劳动合同的约定。同时，按照规定进行个人所得税的申报和缴纳，以避免税务风险和法律纠纷。
谨慎处理：
- 在处理两处领取工资的问题时，员工需要谨慎考虑公司的利益冲突审查、内部核查机制等因素。避免因为隐瞒或虚假申报而引发不必要的麻烦和损失。
咨询专业律师：
- 如果员工对两处领取工资的问题存在疑问或担忧，可以咨询专业律师（比如我）的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助员工合法合规地处理这一问题。
作为喻燕立律师，我擅长处理建设工程、劳动纠纷领域的法律问题。如果您在两处取得工资方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。