结论：若您同意他人使用您的配方，但对方在使用两年后不承认该事实，是否构成侵权需视具体情况而定。一般来说，若双方有明确的协议或约定，且对方违反了该协议或约定，则可能构成侵权；若无明确协议或约定，则需根据其他事实和证据来判断。
一、有明确协议或约定的情况
协议内容：
- 若您与对方签订了书面或口头的协议，明确允许对方在特定条件下（如使用期限、使用范围、保密义务等）使用您的配方，则该协议具有法律约束力。
侵权判定：
- 若对方在使用两年后不承认该协议或违反了协议中的条款（如超出了使用期限、范围或未履行保密义务等），则可能构成对您配方使用权的侵权。
- 在此情况下，您可以依据协议内容，通过法律途径追究对方的违约责任或侵权责任。
二、无明确协议或约定的情况
事实认定：
- 若您与对方之间没有明确的协议或约定，但您有证据证明对方确实使用了您的配方（如配方使用记录、产品成分分析等），则需根据其他事实和证据来判断对方的行为是否构成侵权。
侵权判定：
- 在此情况下，侵权判定可能更为复杂。您需要证明对方的行为确实侵犯了您的配方使用权，且该行为没有合法的依据或理由。
- 若您无法提供充分的证据证明对方的行为构成侵权，或者对方能够提出合理的抗辩理由（如独立研发、合法授权等），则可能难以认定对方的行为构成侵权。
三、法律建议
收集证据：
- 无论是否有明确的协议或约定，您都应尽可能收集与配方使用相关的证据，如配方本身、使用记录、产品成分分析、通信记录等。
- 这些证据将有助于您在后续的法律程序中证明自己的权益和对方的行为。
咨询专业律师：
- 鉴于侵权纠纷的复杂性和专业性，我建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
- 律师可以根据您的具体情况和证据，为您制定合适的法律策略，并代表您进行法律程序。
考虑和解或调解：
- 在某些情况下，和解或调解可能是解决侵权纠纷的更有效方式。
- 您可以与对方协商达成和解协议，或者通过第三方调解机构进行调解，以避免漫长的法律程序和不确定的法律结果。
最后，若您遇到此类问题，且情况复杂或证据不足，建议您直接向我咨询，以便我能根据您的具体情况提供更准确的法律建议和帮助。