结论前置：

1. 公司按自动离职停保在符合规定程序和条件时具有合法性；
2. 但若程序或条件存在瑕疵，可能引发劳动争议风险。

核心前提与场景分析：
用户咨询的核心场景为员工未履行离职手续（旷工），公司据此按“自动离职”处理并停缴社保。此问题涉及劳动关系解除的合法性、社保停缴的合规性，以及潜在的法律风险。

一、公司按自动离职停保的合法性分析

1. “自动离职”的法律依据
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若公司规章制度明确规定“连续旷工X日视为自动离职”，且该制度已通过民主程序制定并公示，则公司有权按此规定解除劳动关系。

   • 关键点：规章制度需合法有效（内容合法、程序民主、公示告知）。
     
   • 风险点：若制度未公示或旷工天数未达“严重”标准，可能被认定为违法解除。

2. 停缴社保的合规性
   社保停缴需以劳动关系解除为前提。若公司已合法解除劳动关系，可停缴社保；但若解除行为被认定违法（如制度瑕疵、程序违法），则停缴行为可能被要求补缴。

   • 操作建议：解除劳动关系后，公司应出具书面解除通知并送达员工，同时办理社保减员手续。

二、潜在法律风险与应对建议

1. 员工主张违法解除的风险
   若员工否认“自动离职”的合法性，可能申请劳动仲裁，要求支付赔偿金（2N）或继续履行合同。

   • 应对措施：
     
     • 保留员工旷工的证据（如考勤记录、催告返岗通知）；
       
     • 确保规章制度符合法律要求；
       
     • 解除通知需明确理由并送达员工。

2. 社保停缴的争议风险
   若员工主张解除行为违法，可能要求补缴社保。此时，公司需承担补缴责任及滞纳金。

   • 应对措施：
     
     • 解除劳动关系后及时办理社保减员；
       
     • 若存在争议，可与员工协商或通过法律程序确认解除合法性。

三、实务操作建议

1. 完善规章制度：明确“自动离职”的定义（如连续旷工3日）及处理流程，确保制度合法有效。
   
2. 留存证据：保存员工旷工的考勤记录、催告返岗通知、解除通知等材料。
   
3. 依法送达：解除通知需通过书面形式送达员工（如EMS邮寄、当面签收），避免口头通知。
   
4. 及时办理手续：解除劳动关系后，立即办理社保减员及离职手续，避免延误。

总结：公司按自动离职停保需以合法解除劳动关系为前提，否则可能面临违法解除赔偿及社保补缴风险。建议公司严格遵循法定程序，完善证据链，降低法律风险。如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。