公司报案后，员工仍然可以申请劳动仲裁。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、劳动仲裁的独立性
劳动仲裁是解决劳动争议的一种法定方式，其程序和结果具有相对的独立性。公司报案，无论是向公安机关报案称员工涉嫌违法，还是向其他相关部门反映情况，都不影响员工依法申请劳动仲裁的权利。劳动仲裁机构会根据双方提供的证据和法律规定，独立、公正地作出裁决。
二、公司报案与劳动仲裁的关系
报案性质：公司报案通常涉及员工可能涉嫌的违法行为，如贪污、挪用资金等。这些行为与劳动争议（如工资支付、加班费、解除劳动合同等）是两个不同的法律范畴。因此，公司报案并不直接决定劳动争议的处理结果。
证据影响：虽然公司报案可能涉及一些与劳动争议相关的证据，但劳动仲裁机构在裁决时会综合考虑双方提供的所有证据，包括但不限于公司报案所涉及的证据。如果公司报案的证据与劳动争议无直接关联，或者不足以证明员工的违法行为，那么这些证据对劳动仲裁结果的影响将有限。
三、员工申请劳动仲裁的建议
准备证据：员工在申请劳动仲裁前，应尽可能收集与劳动争议相关的证据，如工资单、加班记录、解除劳动合同通知书等。这些证据将有助于支持员工的仲裁请求。
明确仲裁请求：员工在申请劳动仲裁时，应明确自己的仲裁请求，如要求公司支付拖欠的工资、加班费、经济补偿金等。明确的仲裁请求有助于劳动仲裁机构更准确地审理案件。
遵循仲裁程序：员工应按照劳动仲裁机构的要求，按时提交仲裁申请书、证据材料等，并参加仲裁庭的审理。遵循仲裁程序是确保仲裁结果公正、有效的重要保障。
四、可能的法律后果
如果员工胜诉：员工将获得劳动仲裁机构支持的仲裁请求，如工资、加班费、经济补偿金等。公司应依法履行仲裁裁决，否则员工可以向人民法院申请强制执行。
如果员工败诉：员工可能需要承担仲裁费用，并且其仲裁请求将得不到支持。但这并不影响员工在其他法律途径上维护自己的权益，如向人民法院提起诉讼等。不过，在劳动争议领域，通常需要先经过劳动仲裁程序，对仲裁结果不服的，才可以向人民法院提起诉讼。
总结来说，公司报案后，员工仍然可以依法申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会独立、公正地审理案件，并根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。员工在申请劳动仲裁时，应准备充分的证据，明确仲裁请求，并遵循仲裁程序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。