您好，针对您提出的“没做工伤认定就签协议合法吗”这一问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，签订“工伤补偿协议”并不影响劳动者申请工伤认定的权利。这是因为工伤认定是由工伤保险经办机构或者劳动保障行政部门负责的法定程序，其目的是确认劳动者是否因工作原因受到伤害，并据此享受相应的工伤保险待遇。这一权利是由国家法律法规明确规定的，是劳动者的基本权利，不能因用人单位与劳动者之间的协议而被剥夺。

在实际操作中，有些用人单位可能会在劳动者未进行工伤认定的情况下，与其签订工伤补偿协议，试图通过协商的方式解决工伤赔偿问题。然而，这种做法并不意味着劳动者就失去了申请工伤认定的权利。如果劳动者在签订协议后，发现自己实际获得的赔偿款明显低于法律规定用人单位应支付的数目，且签订协议时对此并不知情，那么劳动者仍然有权要求用人单位补齐差额，或者向相关部门投诉、申请仲裁或诉讼，以维护自己的合法权益。

此外，从法律层面来看，《中华人民共和国劳动合同法》和《中华人民共和国劳动保障法》等相关法律法规都明确规定了劳动者的合法权益，包括工伤认定和职业病待遇等。这些法律法规是保护劳动者权益的重要依据，任何用人单位都不能通过协议等方式侵犯劳动者的法律权利。

具体案例分析：

以黄某的案例为例，黄某在某有限公司工作期间患上职业病，虽然在与公司签订“工伤补偿协议”后获得了部分赔偿，但他仍然有权向人社部门申请工伤认定，并享受相应的职业病待遇。最终，法院也判决支持了黄某的请求，认定他有权享受工伤保险待遇，并要求公司补足差额。

再以李某的案例为例，李某在工伤事故后与公司签订了工伤赔偿协议，但随后他仍然向人社部门申请了工伤认定，并获得了《认定工伤决定书》。公司虽然对此不服并提出行政复议申请，但最终复议机关也维持了人社部门的决定。

总结与建议：

综上所述，没做工伤认定就签协议并不影响劳动者后续申请工伤认定的权利。劳动者在签订工伤补偿协议时，应仔细了解协议内容，确保自己的权益不受损害。如果发现协议内容违反法律法规或显失公平，劳动者有权拒绝签订或要求修改协议。同时，劳动者在发生工伤事故后，应及时向相关部门申请工伤认定，以确保自己的合法权益得到保障。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。