公司配合员工办理工伤认定时让员工签协议，这一行为是否合法，需根据协议的具体内容来判断。以下从不同角度进行分析：
若协议内容合法合规：
- 如果公司要求员工签署的协议内容主要是关于工伤认定流程的配合、相关材料的提供等合法合规的事项，且没有损害员工的合法权益，那么这样的协议是合法的。例如，协议中明确公司会积极配合员工进行工伤认定，员工需如实提供相关证据材料等，这样的条款是合理且必要的。
若协议内容存在违法或不合理条款：
- 免除公司责任：如果协议中包含免除公司应承担的工伤赔偿责任、限制员工申请工伤认定的权利等条款，这些条款是违法的，因为它们违反了《工伤保险条例》等法律法规的强制性规定。根据《工伤保险条例》的规定，员工发生工伤后，公司有义务为员工申请工伤认定，并承担相应的赔偿责任。
- 限制员工权利：协议中若有限制员工寻求法律救济、仲裁或诉讼的权利等条款，也是不合法的。员工在发生工伤后，有权依法维护自己的合法权益，包括申请工伤认定、要求公司赔偿等，任何限制这些权利的条款都是无效的。
- 其他不合理条款：如要求员工承担不应由其承担的费用、设置不合理的赔偿条件等，这些条款同样可能因违反法律法规或公序良俗而被认定为无效。
法律建议：
- 仔细审查协议内容：员工在签署任何协议前，都应仔细阅读协议内容，确保自己的合法权益不受损害。如果对协议内容有疑问或不确定，可以寻求专业律师的帮助。
- 保留相关证据：在工伤认定和赔偿过程中，员工应保留好所有与工伤相关的证据材料，如医疗记录、工作证明、事故报告等，以便在需要时提供证明。
- 依法维权：如果公司要求签署的协议存在违法或不合理条款，员工有权拒绝签署，并可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果员工签署了含有违法或不合理条款的协议，可能会在未来维权时面临困难，因为这些条款可能被用作公司拒绝承担责任的依据。
- 另一方面，如果公司因要求员工签署违法协议而面临法律纠纷，公司可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿员工因此遭受的损失等。
总之，公司在配合员工办理工伤认定时，应确保所要求签署的协议内容合法合规，不损害员工的合法权益。员工在签署协议前也应仔细审查协议内容，必要时寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。