公司员工受工伤后上班签定的协议是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、协议合法性的基本判断标准
程序合法性：
- 若工伤发生后，用人单位既未向主管部门上报，又未向劳动保障部门申请认定工伤，在此情况下签订的协议通常是无效的。因为该行为属隐瞒不报，逃脱了劳动监管部门的监管，破坏了国家的劳动安全制度，损害了劳动者的健康权利，违反了法律强制性和禁止性规定。
内容合法性：
- 协议内容需符合法律法规的规定，不得损害劳动者的合法权益。例如，赔偿金额不得低于法定工伤待遇标准。若赔偿金额低于法定标准，劳动者有权申请变更或撤销该协议。
意思表示真实性：
- 协议双方需意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。若协议是在一方受欺诈或胁迫的情况下签订的，则该协议可能被认定为无效或可撤销。
二、不同情况下的协议合法性分析
用人单位及时上报并启动工伤认定程序：
- 在此情况下，用人单位与劳动者签订的协议可能是有效的。因为《劳动法》赋予用人单位与劳动者自行和解的权利，这种权利的行使是在遵守国家安全劳动制度的前提下完成的。但需注意，若赔偿金额低于法定工伤待遇标准，劳动者仍有权申请变更或撤销该协议。
用人单位未上报且未启动工伤认定程序：
- 如前所述，在此情况下签订的协议通常是无效的。因为用人单位的行为违反了法律法规的强制性规定，损害了劳动者的合法权益。
三、法律建议
对于劳动者：
- 在签订任何与工伤相关的协议前，务必确保用人单位已经向主管部门上报并启动了工伤认定程序。
- 仔细阅读协议内容，确保赔偿金额不低于法定工伤待遇标准。
- 若对协议内容有疑问或认为协议存在不公平之处，应及时咨询专业律师。
对于用人单位：
- 在工伤发生后，应及时向主管部门上报并启动工伤认定程序。
- 在与劳动者签订协议时，应确保协议内容合法、公平，不得损害劳动者的合法权益。
- 若对协议的法律效力有疑问，也应咨询专业律师。
总结来看，公司员工受工伤后上班签定的协议是否合法，需根据具体情况进行判断。若您或您所在的公司面临此类问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。