上厕所、吃饭扣工时是否违法，需分情况讨论，核心在于该时间是否应计入工作时间。以下从不同角度进行分析：

1. 若上厕所、吃饭时间属于正常工作间歇，且未超出合理范围，则扣工时违法

• 法律背景：根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有休息、用餐等合理间歇的权利。这些间歇时间通常被视为工作时间的合理延伸，尤其是当它们与工作紧密相关，且未超出行业或岗位通常认可的合理时长时（如一般用餐时间不超过1小时）。
• 法律后果：若用人单位无故扣除这些时间对应的工时，可能构成未足额支付劳动报酬，劳动者有权要求补发工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若上厕所、吃饭时间超出合理范围，且用人单位有明确规定，则扣工时可能合法

• 法律背景：虽然劳动者享有休息、用餐权利，但这一权利并非无限制。若劳动者因个人原因（如长时间聊天、外出购物等）导致用餐或如厕时间过长，且用人单位有明确规章制度（如规定用餐时间不超过30分钟），则超出部分可能不被视为工作时间。
• 注意事项：用人单位的规章制度需合法、合理，且已向劳动者公示或告知。否则，即使规定存在，也可能因程序瑕疵而被认定为无效。
• 法律建议：对于超出合理范围的用餐或如厕时间，用人单位应优先通过沟通、提醒等方式解决，而非直接扣工时。若需扣减，应确保规章制度合法有效，并留存相关证据。

3. 特殊工时制度下的考量

• 不定时工作制：在实行不定时工作制的岗位中，劳动者的工作时间更加灵活，用餐和如厕时间通常不被单独计算为工时。但即便如此，用人单位也不得无故剥夺劳动者的合理休息权利。
• 综合计算工时工作制：在综合计算周期内，劳动者的总工作时间应符合法定标准。若用餐或如厕时间被计入总工作时间，且未超出综合计算周期内的法定工时，则扣工时可能不合法。

4. 实践中的操作建议

• 劳动者：若认为用人单位扣工时行为违法，可先与用人单位协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 用人单位：应制定合法、合理的规章制度，明确用餐、如厕等时间的处理方式；加强与劳动者的沟通，避免因误解或程序瑕疵引发纠纷。

总结来看，上厕所、吃饭扣工时是否违法，关键在于该时间是否应计入工作时间，以及用人单位是否有合法、合理的规章制度作为依据。如有具体争议，建议直接向我咨询，以便根据实际情况提供更精准的法律建议。