结论前置：公司上厕所扣时间是否违法，需分情况讨论，一般情况下，公司因员工上厕所而扣除其工作时间或工资的行为是违法的。
详细分析：
从劳动法的角度来看：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，这包括工作间隙的合理休息时间，如上厕所等生理需求的时间。
- 公司若因员工上厕所而扣除其工作时间，实际上是在剥夺员工的休息权，这违反了劳动法的相关规定。
从工资支付的角度来看：
- 根据《中华人民共和国工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果公司因员工上厕所而扣除其工资，这构成了克扣工资的行为，是违法的。员工有权要求公司补发被扣除的工资，并可能因此获得相应的赔偿。
特殊情况下的考量：
- 虽然一般情况下公司因员工上厕所扣时间是违法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果员工上厕所的时间过长，且明显超出了正常生理需求的范围，影响了工作效率或公司正常运营，公司可以与员工进行沟通，要求其合理安排时间。但即便如此，公司也不能直接扣除员工的工作时间或工资，而应通过其他合理方式（如提醒、警告等）进行管理。
法律建议：
- 如果您遇到公司因上厕所而扣除您工作时间或工资的情况，首先应与公司进行沟通，明确表达您的权益和诉求。
- 如果沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据（如工资条、考勤记录、沟通记录等），以便在需要时提供证明。
可能后果：
- 如果公司因员工上厕所而扣除其工作时间或工资的行为被认定为违法，公司可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。
- 同时，公司的违法行为还可能受到劳动监察部门的处罚，影响公司的声誉和正常运营。
总之，公司因员工上厕所而扣除其工作时间或工资的行为一般是违法的。如果您遇到此类情况，请及时与公司沟通并寻求法律帮助。有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。