在公司上厕所被限时是违法的。下面我对此进行详细分析：
一. 公司限制员工上厕所时间违法
- 违反劳动者的健康保护权：根据《劳动法》第三条规定，劳动者享有休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利。公司限制员工上厕所的时间，实质上是对员工基本生理需求的限制，违反了劳动者的健康保护权。
- 涉嫌侵犯隐私权：公司通过监控调取员工如厕行为，不仅涉嫌侵犯员工的隐私权，还可能对员工的身心健康造成负面影响。根据《民法典》第一千零三十二条规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。
二. 公司擅自罚款扣工资也违法
公司擅自对员工进行罚款并扣减工资，这一行为同样不符合法律规定。在我国，企业并没有罚款的权力，罚款属于行政处罚的一种，只有行政机关在法定职权范围内才能实施罚款行为。因此，公司的这一做法违反了《工资支付暂行规定》。
三. 公司面临的法律后果
- 责令改正与警告：根据《劳动合同法》第八十条规定，用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动部门责令改正，给予警告。
- 罚款：根据《劳动保障监察条例》第三十条规定，用人单位经劳动保障行政部门责令改正拒不改正的，可处以2000元以上2万元以下的罚款。
- 赔偿责任：如果公司的规章制度违反法律、法规规定，给劳动者造成损害的，还应当承担赔偿责任。
- 劳动者有权解除劳动合同并要求经济补偿：根据《劳动合同法》第三十八条和第四十六条的规定，劳动者在用人单位的规章制度违反法律、行政法规规定，损害其权益的情况下，可以随时通知用人单位解除劳动合同，并有权要求用人单位支付经济补偿金。
综上所述，公司限制员工上厕所的时间是违法的，不仅违反了劳动者的健康保护权和隐私权，还可能面临严重的法律后果。我建议公司应当尊重员工的权利和需求，建立健康、合理的企业文化和管理制度。如有进一步需要，您可以继续咨询我。