公司限制员工上厕所时间一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

从劳动法律法规来看，劳动者享有休息休假的权利，这其中也隐含了劳动者在工作期间合理的生理需求休息权利，比如上厕所。虽然现行法律法规没有明确提及“上厕所时间”这一具体表述，但根据《中华人民共和国劳动法》等相关规定，用人单位应当保障劳动者享有合理的劳动条件和劳动保护，不得以不合理的规定侵犯劳动者的基本权益。限制员工上厕所时间，显然是对劳动者正常生理需求的忽视，侵犯了劳动者合理的休息权利，因此这种限制行为是不合法的。

实际影响角度

1. 对员工身体健康的影响：长时间限制上厕所时间，员工可能会因为憋尿等导致身体出现健康问题，如泌尿系统感染等。这不仅损害了员工的身体健康，从长远来看，也可能影响员工的工作效率和工作质量。如果员工因为公司的不合理限制而生病，公司还可能需要承担相应的医疗费用等责任。
2. 对员工心理的影响：这种不合理的限制会让员工感到被不尊重和压抑，影响员工的工作积极性和工作满意度，进而可能导致员工流失率增加，对公司的稳定运营产生不利影响。

特殊情况分析

虽然一般情况下公司限制员工上厕所时间不合法，但也存在一些特殊情况。比如，在某些特殊行业或特定工作岗位，由于工作性质的特殊性，可能需要在短时间内集中精力完成工作任务，此时公司可能会对员工的上厕所时间等做出一些临时性的、合理的安排。但这种安排必须是在保障员工基本生理需求的前提下，并且要提前与员工进行充分沟通和协商，取得员工的理解和同意。如果公司没有进行合理沟通和协商，单方面强制限制员工上厕所时间，仍然是不合法的。

应对建议

如果公司存在限制员工上厕所时间的情况，员工可以采取以下措施：

1. 与公司协商：首先可以尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明这种限制的不合理性和对自己造成的影响，要求公司取消不合理的规定。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对公司的行为进行调查和处理。
3. 申请劳动仲裁：在必要时，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

如果你遇到了公司限制上厕所时间等相关劳动问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。