公司限制上厕所次数是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国劳动法》以及相关的劳动保护规定，劳动者享有获得劳动安全卫生保护的权利，这包括合理的休息和生理需求满足的权利。上厕所是人的基本生理需求，公司限制员工上厕所的次数，显然侵犯了员工的这一基本权利。

可能的法律后果

1. 行政处罚：如果公司因此被劳动行政部门查处，可能会面临警告、责令改正等行政处罚。
2. 劳动仲裁或诉讼：员工如果因此受到损害，如健康受损或精神压力增大等，可以向劳动仲裁机构申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。

实际操作中的建议

1. 与公司沟通：首先，建议员工尝试与公司管理层或人力资源部门进行沟通，明确表达上厕所是基本生理需求，限制次数是不合理的。通过沟通，可能能够解决问题，避免不必要的法律纠纷。
2. 收集证据：如果沟通无果，员工应开始收集相关证据，如公司关于限制上厕所次数的规定、通知或邮件等，以及自己因此受到的影响，如健康记录、工作记录等。这些证据在后续的劳动仲裁或诉讼中可能会起到关键作用。
3. 寻求法律援助：在准备采取法律行动之前，员工可以咨询专业律师（比如我，刘学良律师，专注于劳动纠纷等领域），了解自己的权利和可能的法律途径。律师可以提供专业的法律意见，帮助员工制定合适的策略。

特殊情况考虑

虽然一般情况下公司限制上厕所次数是不合法的，但也有一些特殊情况需要考虑。例如，在某些特殊行业或岗位，由于工作性质的特殊性，可能需要员工在特定时间内坚守岗位，不能随意离开。然而，即使在这种情况下，公司也应该提供合理的解决方案，如安排轮班、设置临时厕所等，以满足员工的基本生理需求。

综上所述，公司限制上厕所次数是不合法的，员工有权维护自己的合法权益。如果遇到此类问题，建议先与公司沟通，如果无法解决，再考虑采取法律行动。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。