结论：在八小时工作制下，员工因上厕所时间较长而被扣工资，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，但一般情况下，单纯因上厕所时间长而扣工资是违法的。
分析说明：
上厕所是员工的合理生理需求：
- 根据劳动法的相关规定，员工在工作时间内享有合理的休息和生理需求时间，这包括上厕所等基本生理活动。因此，员工因上厕所而短暂离开工作岗位，是其合法的权益，不应受到不合理的限制或处罚。
扣工资需有合法依据：
- 雇主在扣除员工工资时，必须依据明确的法律法规或劳动合同中的约定。若劳动合同或公司规章制度中未明确规定因上厕所时间长而扣工资，则雇主无权以此为由扣除员工工资。
- 即便劳动合同或公司规章制度中有相关规定，也需确保这些规定不违反法律法规的强制性规定，且已向员工明确告知并征得其同意。
上厕所时间长不构成严重违纪：
- 除非员工因长时间上厕所而严重影响了工作效率或工作秩序，且这种影响达到了劳动合同或公司规章制度中规定的严重违纪程度，否则雇主不应以此为由扣除员工工资。
- 在实际操作中，很难将上厕所时间长直接认定为严重违纪行为，因为这通常属于员工合理的生理需求范畴。
特殊情况说明：
- 如果员工上厕所的时间确实过长，且频繁发生，严重影响了工作效率或工作秩序，雇主可以与员工进行沟通，了解原因并寻求解决方案。在沟通无果的情况下，雇主可以依据劳动合同或公司规章制度中的相关规定，对员工进行适当的纪律处分，但这种处分不应直接表现为扣除工资，而应更侧重于警告、记过等非经济性处罚。
- 如果员工因特殊疾病或身体原因需要频繁上厕所，雇主应给予理解和支持，并为其提供必要的便利和帮助。在这种情况下，扣除员工工资显然是不合理且违法的。
行动建议：
- 如果您因上厕所时间长而被扣工资，且认为这一行为不合理或违法，您可以先与雇主进行沟通协商，寻求解决方案。
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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