结论前置：上厕所17分钟被扣一天工资，这一做法是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但若员工行为严重违反公司规章制度且规章制度合法有效，则可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 同时，《工资支付暂行规定》第十五条也明确指出：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”上厕所时间显然不属于上述可以扣除工资的情形。
合理性分析：
- 上厕所是人的基本生理需求，员工在工作期间上厕所是合理的，且上厕所的时间通常较短，不会对工作造成实质性影响。
- 除非员工上厕所的时间过长且频繁，严重影响了工作效率，但即便如此，公司也应通过合理的方式（如提醒、警告等）进行管理，而非直接扣除工资。
二、特殊情况下可能合法
公司规章制度合法有效：
- 如果公司有明确的规章制度，规定员工在工作期间上厕所的时间限制，并且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
- 在此情况下，如果员工上厕所的时间超过了规章制度规定的时间，且公司能够证明员工的行为严重违反了规章制度，那么公司可能根据规章制度对员工进行相应的处罚，包括扣除工资。但需要注意的是，这种处罚应当合理，且扣除的工资数额不应过高。
实际操作中的限制：
- 即便公司有合法的规章制度，但在实际操作中，公司也需要谨慎处理。因为扣除工资涉及到员工的切身利益，如果处理不当，很容易引发劳动争议。
- 公司应当确保规章制度的执行具有合理性和公正性，避免滥用规章制度对员工进行不合理的处罚。
三、建议与风险提示
对员工的建议：
- 如果员工认为公司扣除工资的行为不合理或违法，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除工资的理由和依据。
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对公司的风险提示：
- 公司在制定规章制度时，应当确保规章制度的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
- 在执行规章制度时，公司应当遵循公平、公正、公开的原则，确保规章制度的执行具有合理性和公正性。
- 如果公司需要扣除员工工资，应当确保扣除的工资数额合理，且符合法律法规的规定。否则，公司可能面临劳动争议和法律风险。
总结：上厕所17分钟被扣一天工资，一般情况下是不合法的。但如果公司有明确的、合法有效的规章制度，并且员工的行为严重违反了该规章制度，那么公司可能根据规章制度对员工进行相应的处罚。不过，即便如此，公司也需要谨慎处理，确保处罚的合理性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。