在连锁店员工起诉的情况下，是起诉公司还是门店，这主要取决于员工与谁建立了劳动关系以及具体的纠纷内容。以下是从不同角度进行的分析：

1. 劳动关系主体：

   • 若员工与连锁店所属的公司签订了劳动合同：在此情况下，员工与公司之间建立了劳动关系。如果员工因工作原因（如工资、福利、解雇等）与公司发生纠纷，员工应当起诉公司，因为公司是劳动关系的主体，承担相应的法律责任。
   • 若员工与具体门店签订了劳动合同，但门店不具备独立法人资格：此时，虽然合同是与门店签订的，但由于门店不具备独立承担民事责任的能力，员工实际上仍应起诉公司。因为公司作为门店的上级或所属单位，需要对其下属门店的行为负责。
   • 若门店具备独立法人资格：在这种情况下，如果员工与门店签订了劳动合同，并且门店具备独立承担民事责任的能力，那么员工在发生纠纷时，可以直接起诉门店。

2. 纠纷内容：

   • 若纠纷涉及公司政策或制度：例如，公司统一制定的工资标准、福利政策等引发的纠纷，员工应当起诉公司，因为这些政策或制度是由公司制定的。
   • 若纠纷仅涉及门店具体行为：例如，门店经理的不当解雇、门店内部的工资发放问题等，且门店具备独立法人资格，员工可以选择起诉门店。但如果门店不具备独立法人资格，则仍需起诉公司。

3. 法律建议：

   • 在起诉前，员工应首先确认自己的劳动关系主体：通过查看劳动合同、工资发放记录等证据，明确是与公司还是门店建立了劳动关系。
   • 根据劳动关系主体和纠纷内容选择起诉对象：如果劳动关系主体是公司，或者纠纷涉及公司政策或制度，员工应起诉公司；如果劳动关系主体是具备独立法人资格的门店，且纠纷仅涉及门店具体行为，员工可以选择起诉门店。
   • 在起诉过程中，员工应准备充分的证据：包括劳动合同、工资发放记录、工作证、解雇通知等，以证明自己的劳动关系和纠纷事实。

可能面临的法律后果：

• 如果员工错误地选择了起诉对象，可能会导致案件被驳回或需要重新起诉，从而增加诉讼成本和时间成本。
• 如果员工能够正确选择起诉对象并准备充分的证据，那么其胜诉的可能性将大大增加，从而有效维护自己的合法权益。

综上所述，连锁店员工在起诉时，应根据自己的劳动关系主体和纠纷内容来选择起诉对象。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。