结论前置：公司未正常缴纳社保后补交并扣员工工资的行为，一般不合法，但需结合具体情况分析。以下从法律角度分情况说明：

1. 公司未依法缴纳社保的违法性

根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社会保险费（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）。未缴纳或未足额缴纳社保属于违法行为，员工有权要求公司补缴，并可向社保行政部门投诉（如社保局），由行政部门责令公司限期补缴。

2. 补缴社保时扣员工工资的合法性

关键点：补缴社保的费用分担需严格区分公司和个人承担部分。

• 公司部分：根据《社会保险法》，养老保险、医疗保险、失业保险中，公司需承担较大比例（如养老保险公司承担约16%-20%，个人承担8%），这部分费用完全由公司承担，不得从员工工资中扣除。
  
• 个人部分：员工需承担个人比例的费用（如养老保险个人8%），若公司此前未代扣代缴，可要求员工补缴个人部分，但需满足以下条件：
  
  • 事先约定：公司需证明与员工在劳动合同或规章制度中明确约定了“个人社保费用由公司代扣代缴，未代扣时员工需补缴”；
    
  • 合理通知：公司需提前告知员工补缴金额、期限，并给予员工申诉或核对的机会；
    
  • 未超限额：扣除的工资不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准（《工资支付暂行规定》第16条）。
    

若公司未满足上述条件，直接扣工资补缴社保属于违法，员工可要求公司返还被扣工资，并可通过劳动仲裁或诉讼维权。

3. 员工维权路径

• 协商：与公司沟通，要求公司自行承担应缴费用，或按法定程序补扣个人部分；
  
• 投诉：向当地社保行政部门（如社保局）举报公司未依法缴纳社保，要求行政部门责令公司补缴；
  
• 仲裁/诉讼：若公司扣工资行为违法，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向法院起诉，要求公司返还工资并赔偿损失。

4. 特殊情形：公司以“补缴社保”为由变相降薪

若公司以“补缴社保”为借口，超出员工个人应承担比例扣工资（如将公司应缴部分转嫁给员工），或扣除后工资低于最低工资标准，属于变相克扣工资，违反《劳动合同法》第38条，员工可据此解除劳动合同并主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。

总结建议：

1. 核实公司补缴的社保费用中，哪些属于公司应缴部分、哪些属于个人应缴部分；
   
2. 检查公司扣工资是否符合“事先约定、合理通知、未超限额”等条件；
   
3. 若公司行为违法，及时通过投诉、仲裁或诉讼维权。
   

如有进一步细节（如劳动合同条款、扣款金额、当地社保政策等），可直接向我咨询，我会结合具体证据提供更精准的分析。