结论：公司交了社保但未扣员工个人应缴部分，是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司已代员工缴纳社保，但未从工资中扣除个人应缴部分，且未要求员工后续补缴
   根据《社会保险法》第六十条，职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴。若公司未履行代扣义务，而是自行承担了员工个人应缴部分，法律并未明确禁止这种行为。但需注意：

   • 公司风险：公司可能面临社保部门稽查，要求补缴员工个人部分及滞纳金（若被认定为未足额缴纳）；
     
   • 员工权益：员工实际未承担个人缴费义务，可能影响其未来社保待遇（如养老金、医保账户余额等），但法律上员工无权主动要求公司免除其个人缴费责任。
     

2. 若公司未扣员工个人应缴部分，且计划后续追缴或已与员工协商一致

   • 合法性：若公司通过书面协议（如劳动合同补充条款）与员工约定，后续从工资中补扣个人应缴部分，或员工同意公司暂缓扣缴，此类操作需符合《工资支付暂行规定》第十五条（需员工书面同意扣款）及地方社保政策，否则可能涉嫌违法扣款；
     
   • 操作建议：公司应保留与员工协商的证据（如签字确认文件），并确保补扣金额不超过员工当月工资的20%（部分地区有更高限制），且扣除后工资不低于当地最低工资标准。

3. 若公司未扣员工个人应缴部分，且未告知员工或未取得员工同意

   • 违法性：公司可能涉嫌违反《社会保险法》第六十条（未履行代扣义务）及《劳动合同法》第三十八条（未及时足额支付劳动报酬，若员工认为公司未扣缴导致其“实际收入减少”）；
     
   • 员工权利：员工可向社保部门投诉，要求公司补缴个人部分；若公司拒不补缴，员工可依据《劳动合同法》第三十八条解除劳动合同并主张经济补偿。

实务建议：

• 对公司：建议严格按法律规定代扣代缴社保，若需调整扣缴方式，应与员工签订书面协议并留存证据；
  
• 对员工：若发现公司未扣个人社保部分，可主动与公司沟通确认原因，避免未来社保待遇受损；若公司存在违法操作，可向当地社保局或劳动监察大队投诉。
  

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