用人单位在符合法定条件和程序的情况下，安排劳动者超工时工作并依法以底薪为基数支付加班费是合法的，但需确保加班费计算基数不低于法定最低工资标准且计算方式合法。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据与条件
根据我国《中华人民共和国劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。然而，在生产经营需要的情况下，用人单位可以与工会和劳动者进行协商，延长工作时间，并支付相应的加班费。这一过程中，关键条件包括：
- 协商一致：必须经过与工会和劳动者的协商，确保加班是双方自愿的。
- 遵守时间限制：每日延长工作时间一般不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，且每月累计不得超过三十六小时。
- 足额支付加班费：按照法律规定的加班费计算标准支付报酬。
加班费计算基数与标准
计算基数：
- 如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。若工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应以各项工资的总和作为基数计发加班费。
- 如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数，包括工资、奖金、津贴、补贴等，但加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除。
- 加班费的计算基数不得低于当地当年的最低工资标准。
计算标准：
- 工作日加班：支付不低于劳动者正常工作时间工资的150%的工资报酬。
- 休息日（双休日）加班：若不能安排补休，则支付不低于劳动者正常工作时间工资的200%的工资报酬。
- 法定节假日加班：支付不低于劳动者正常工作时间工资的300%的工资报酬。
特殊情况与注意事项
- 底薪作为加班费计算基数：如果劳动合同中约定的底薪不低于当地最低工资标准，且双方同意以底薪作为加班费计算基数，那么这种做法是合法的。但需注意，加班费计算基数应合理反映劳动者的实际工资水平，避免过低计算导致劳动者权益受损。
- 强迫加班与不支付加班费：用人单位不能强迫劳动者加班或违反法律规定不支付足额加班费。否则，劳动者有权通过协商、调解、投诉、劳动仲裁或诉讼等途径维护自身权益。
维权途径
如果用人单位未按规定支付加班费或强迫劳动者超时加班，劳动者可以通过以下途径维护自身权益：
- 协商：首先尝试与用人单位进行协商解决。
- 调解：向有权调解的部门（如单位的劳动争议仲裁委员会、人民调解组织等）申请调解。
- 投诉：向用人单位所在地的劳动监察部门进行举报，由劳动监察部门进行调查和处理。
- 劳动仲裁与诉讼：若协商、调解和投诉均未能解决问题，劳动者可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼。
总结：用人单位在安排劳动者超工时工作时，必须严格遵守法律规定的条件、程序和加班费计算标准。以底薪作为加班费计算基数在符合法定条件且不低于最低工资标准的情况下是合法的。同时，劳动者也应了解自身的权益和维权途径，以便在权益受到侵害时能够及时采取有效措施进行保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。