没有正大光明离职被扣500元不合理。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 离职与扣款的关系

1. 离职方式的法律要求：劳动法并未规定员工必须“正大光明”地离职，员工有权根据自己的意愿和公司的规定提出离职。只要员工按照法律规定的程序（如提前通知等）进行离职，公司就无权因离职方式问题而扣款。
2. 扣款的合法性：根据《劳动法》和相关规定，用人单位不得随意克扣劳动者工资。除非有明确的法律依据或双方约定的合理扣款事由（如违反公司规定、造成公司损失等），否则扣款行为是不合法的。

二. 公司扣款行为的评估

1. 扣款事由的合理性：在此情况下，公司因员工“没有正大光明离职”而扣款500元，这一扣款事由显然缺乏法律依据和合理性。离职方式并不影响员工离职的合法性，也不能成为公司扣款的合理事由。
2. 扣款金额的合理性：即便存在合理的扣款事由，扣款金额也应当与员工的过错程度、公司损失等因素相匹配。在此情况下，公司直接扣款500元，未说明扣款的具体依据和计算方式，显然是不合理的。

三. 员工的权益保护

1. 要求解释扣款原因：员工有权要求公司解释扣款的具体原因和依据，并要求公司提供相关的法律依据或公司规定。
2. 申请劳动仲裁：如果公司无法提供合理的扣款依据或拒绝解释扣款原因，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

我建议：如果你认为公司的扣款行为不合理且无法与公司协商解决，你可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁前，建议收集好相关证据（如离职申请、扣款通知等），以便更好地维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。