结论前置：劳动合同不满三年但约定三个月试用期的做法，违反了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，是不合法的。

详细解释如下：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。这意味着，如果劳动合同期限不满三年（但超过一年），试用期最长只能约定为二个月。
   • 进一步地，如果劳动合同期限不满三个月，或者是以完成一定工作任务为期限的劳动合同，则不得约定试用期。虽然您的情况是劳动合同不满三年，但约定的三个月试用期仍然超出了法律规定的上限。

2. 违法后果：

   • 如果用人单位违法约定了过长的试用期，并且劳动者已经实际履行了该试用期，那么用人单位需要承担法律责任。具体来说，用人单位应当按照劳动者已付工资的二倍向劳动者支付赔偿金。
   • 此外，违法约定的试用期部分视为无效，劳动者可以主张按照转正后的工资标准来补足试用期期间少发的工资等权益。

3. 对劳动者的影响：

   • 劳动者在试用期内通常享有较低的工资和福利待遇。如果试用期过长，劳动者将在较长时间内处于不稳定的工作状态，且可能无法获得应有的劳动报酬和保障。
   • 违法约定的试用期还可能影响劳动者的职业发展和工作满意度，因为过长的试用期可能让劳动者感到不被信任或重视。

4. 对用人单位的影响：

   • 违法约定试用期不仅可能导致用人单位面临法律风险和赔偿义务，还可能损害用人单位的声誉和形象。
   • 此外，过长的试用期可能无法有效考察劳动者的能力和表现，反而可能造成不必要的资源浪费和管理成本增加。

建议与行动：

• 如果您作为劳动者遇到了这种情况，建议您首先与用人单位进行协商，要求调整试用期期限并补足少发的工资等权益。
• 如果协商不成，您可以通过劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，请确保提供充分的证据来证明用人单位违法约定了试用期。
• 对于用人单位来说，应当严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，合理约定试用期期限，并确保试用期的考察效果和公平性。

总结：劳动合同不满三年但约定三个月试用期的做法是不合法的。用人单位应当严格遵守法律规定，合理约定试用期期限，以维护劳动者的合法权益和用工行为的规范性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。