结论：超过三次补卡没有全勤是否违法，需结合公司规章制度的具体内容、制定程序以及是否违反法律法规的强制性规定来判断。
一、公司规章制度的内容与程序
内容合法性：
- 公司规章制度中关于补卡次数与全勤关系的规定，需不违反法律法规的强制性规定。例如，不能因补卡次数超过规定就直接扣除员工全部工资或视为旷工，除非这种规定在法律框架内且合理。
- 若公司规章制度中的规定过于严苛，如超过三次补卡即视为旷工并扣除全部工资，这种规定可能因违反公平、合理原则而被认定为无效。
程序合法性：
- 公司规章制度的制定需经过民主程序，如与员工代表或工会协商，并确保员工知晓。若规章制度未经民主程序制定或未告知员工，则可能因程序违法而被认定为无效。
二、具体情境分析
规章制度明确且合理：
- 若公司规章制度明确规定了补卡次数与全勤的关系，且该规定合理、不违反法律法规，同时经过了民主程序并告知了员工，那么超过三次补卡没有全勤的规定是合法的。
规章制度不明确或不合理：
- 若公司规章制度未明确规定补卡次数与全勤的关系，或者规定过于严苛、不合理，那么这种规定可能因缺乏合法性或合理性而被员工质疑或挑战。
- 在此情况下，员工有权要求公司按照法律法规和劳动合同的规定支付工资和享受全勤待遇。
规章制度未告知员工：
- 若公司规章制度虽然存在，但未告知员工或员工不知情，那么这种规章制度对员工不产生法律效力。
- 员工在不知情的情况下，因超过补卡次数而被扣除全勤或工资，可以要求公司纠正并支付相应的工资和全勤待遇。
三、法律建议
审查规章制度：
- 员工应仔细审查公司的规章制度，了解其中关于补卡次数与全勤的规定是否合法、合理。
保留证据：
- 员工应保留好与补卡、全勤相关的证据，如补卡记录、考勤表等，以备不时之需。
协商与投诉：
- 若员工认为公司的规章制度不合法或不合理，可以与公司协商解决。若协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
寻求法律帮助：
- 若员工在处理此类问题时遇到困难或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总结：超过三次补卡没有全勤是否违法，需结合公司规章制度的具体内容、制定程序以及是否违反法律法规的强制性规定来判断。员工在遇到此类问题时，应仔细审查规章制度、保留证据、协商与投诉，并在必要时寻求法律帮助。