公司因员工三次补卡机会未补卡而按旷工处理是否合理，需结合多方面因素综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度的合法性与合理性：
- 公司有权制定考勤管理制度，包括补卡次数和旷工处理的规定。但这些规定必须合法、合理，不能违反劳动法的相关规定。
- 规章制度应事先通过民主程序（如职工代表大会）讨论确定，并向员工明确告知（如发放员工手册、组织培训）。若公司未履行这些程序，规章制度可能不具备法律效力。
规章制度的执行：
- 规章制度在执行过程中应确保公平、一致。若公司对类似情况的处理存在差异，可能导致制度失去公信力，引发员工不满。
- 若公司规章制度明确规定了三次补卡机会未补卡即按旷工处理，且该制度合法、合理并已告知员工，那么公司在此情况下按旷工处理可能是合理的。
二、员工实际工作情况的角度
出勤证据：
- 员工在面临旷工指控时，应提供实际出勤的证据，如同事证言、工作记录、电子邮件往来等，以证明自己的出勤情况。
- 若员工能提供充分证据证明自己实际出勤，而公司仅凭漏打卡记录就按旷工处理，则公司的处理可能不合理。
特殊情况的处理：
- 对于因不可抗力或突发疾病等特殊原因导致的漏打卡，公司应给予理解和宽容，不宜直接按旷工处理。
- 员工也应及时向公司说明情况并提供相关证据，以便公司作出合理判断。
三、劳动法的角度
- 根据劳动法，劳动者享有取得劳动报酬的权利，完成劳动任务即应获得相应报酬。因此，仅凭漏打卡记录不能直接剥夺劳动者的报酬权。
- 考勤打卡是记录出入时间的手段，但并非判断工作状况的唯一标准。公司应综合考量员工的工作表现和实际出勤情况。
四、解决途径与建议
沟通协商：
- 员工认为公司处理不合理时，首先应与人力资源部门或上级领导沟通，说明情况并提供证据，争取协商解决。
法律维权：
- 若沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在此过程中，保留好所有相关证据至关重要，包括但不限于劳动合同、考勤记录、工作记录、电子邮件往来等。
建议：员工应了解自身权利和义务，积极与公司沟通并提供证据；公司也应秉持公平、合理的原则处理考勤问题，确保规章制度的合法性和执行力。若遇到具体法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。