针对您提出的问题，即员工被诊断为职业病后，公司发现员工提交的材料不符，是否可以申请再诊断，以下是我的详细解答：

首先，需要明确的是，如果公司对员工提交的职业病诊断结果或鉴定结论有异议，确实存在申请再诊断或再鉴定的途径。根据相关规定，当事人（包括公司）如果对职业病诊断结果或是职业病鉴定结论有异议，可以在接到职业病诊断证明书或鉴定书之日起的特定时间内，向相关部门申请鉴定或再鉴定。

具体来说，如果公司对职业病诊断结果有异议，可以在接到职业病诊断证明书之日起三十日内，向职业病诊断机构所在地设区的市级卫生行政部门申请鉴定。这是第一级鉴定。

如果公司对设区的市级职业病鉴定结论仍然不服，可以在接到鉴定书之日起十五日内，向原鉴定组织所在地省级卫生行政部门申请再鉴定。这是第二级鉴定，且省级职业病鉴定结论为最终鉴定。

在申请再诊断或再鉴定的过程中，公司需要准备充分的证据来支持其异议，比如指出员工提交的材料中存在的不符之处，或者提供其他能够证明诊断结果或鉴定结论可能有误的证据。

此外，值得注意的是，职业病鉴定实行两级鉴定制，即市级鉴定和省级鉴定。一旦省级鉴定结论作出，即为最终鉴定，公司需要接受这一结果。

综上所述，如果公司对员工提交的职业病诊断结果或鉴定结论有异议，并且认为员工提交的材料不符，确实可以在规定的时间内向相关部门申请再诊断或再鉴定。但在申请过程中，公司需要准备充分的证据来支持其异议，并遵循相关的鉴定程序和时限要求。