当行政处罚案件因程序违法被法院撤销后，行政机关需要按照法律规定和法院判决进行一系列妥善处理。以下是行政机关应采取的具体步骤和注意事项：
一、立即执行法院判决
停止执行原处罚决定：行政机关在收到法院的撤销判决后，必须立即停止执行原行政处罚决定，不得再依据该被撤销的处罚决定对当事人采取任何强制措施或要求履行义务。
不得再行处罚：在法院判决撤销原处罚决定后，行政机关不得以同一事实和理由再次作出相同的行政处罚，除非有新的证据或法律依据。
二、返还财物与赔偿损失
返还相关款项或财物：如果原行政处罚决定涉及罚款、没收违法所得或非法财物等，行政机关应依法将相关款项或财物返还给当事人。
承担赔偿责任：若因执行原处罚决定给当事人造成了其他财产损失（如扣押财物导致的损坏），行政机关还应承担相应的赔偿责任，确保当事人的合法权益得到恢复。
三、纠正错误行为
全面审查案件：行政机关需全面审查案件事实与法律适用过程，查明导致处罚决定违法的具体原因，包括程序瑕疵、证据不足等问题。
完善执法流程：针对发现的问题，行政机关应及时完善执法流程，加强内部监督，确保类似问题不再发生。
四、重新作出行政行为（如需）
基于新事实认定和法律依据：在纠正错误后，若行政机关认为仍有必要实施行政处罚，可基于新的事实认定和法律依据重新启动处理程序。
符合法定程序和实体要求：重新作出的处罚决定必须严格符合法定程序和实体要求，避免再次出现违法情形，确保行政行为的合法性和有效性。
五、承担诉讼费用（如有）
根据《行政诉讼法》规定，若行政机关败诉，需承担相应的案件受理费及其他诉讼支出。这是行政机关作为被告应承担的法律责任。
六、加强内部管理和培训
提升执法人员素质：行政机关应加强对执法人员的培训和管理，提高其法律素养和执法能力，确保行政行为的合法性和规范性。
完善内部监督机制：建立健全内部监督机制，对行政行为进行全程监督，及时发现并纠正违法行为。
综上所述，当行政处罚案件因程序违法被法院撤销后，行政机关应立即执行法院判决，返还财物与赔偿损失，纠正错误行为，并在必要时重新作出行政行为。同时，行政机关还应承担诉讼费用，并加强内部管理和培训，以提升执法水平和避免类似问题再次发生。