在行政诉讼中，如果行政机关的行政行为被法院判决撤销，这通常意味着该行政行为在法律上被认定为无效或违法，需要行政机关进行相应的处理和调整。以下是对这一问题的详细解答：
一、行政机关的应对措施
立即停止执行并纠正错误：
- 行政机关在收到法院撤销行政行为的判决后，必须立即停止执行该行为，并视为该行为自始无效。例如，若是一个责令停产停业的处罚决定被撤销，行政机关需立即允许企业恢复正常生产经营。
深入分析与反思：
- 行政机关应详细分析行政行为被撤销的具体原因，这可能包括事实认定不清、法律适用错误、违反法定程序等。通过深入分析，行政机关可以找出问题所在，并以此为契机反思和改进工作流程、执法规范及人员培训，以避免类似问题再次发生。
重新作出行政行为（如有必要）：
- 如果相关行政管理事项仍需处理，行政机关在纠正原问题后，可以重新作出行政行为。但需要注意的是，重新作出的行政行为不得基于同样的事实和理由作出基本相同的行为，除非主要事实或理由有实质性的改变。
处理赔偿事宜：
- 对于因被撤销的行政行为而遭受损失的公民、法人或其他组织，行政机关应按照《国家赔偿法》的规定审查赔偿请求，并及时、足额支付赔偿金。这是行政机关承担法律责任的重要体现。
二、行政相对人的权益保护
恢复自身权益：
- 行政相对人可以依据法院的撤销判决要求恢复受影响的权益。例如，如果营业执照被错误吊销，行政相对人可以持判决书要求恢复其正常状态。
关注后续行动：
- 行政相对人应密切关注行政机关是否会重新作出行政行为，并及时了解新行为的内容和依据。如果认为新行为仍然违法或不当，行政相对人可以通过行政复议或诉讼等法律途径进行维权。
提出赔偿请求：
- 如果行政行为的撤销是因行政机关的违法或不当行为导致，并且造成了实际损失，行政相对人有权要求赔偿。赔偿范围应包括因行政行为导致的直接损失和合理范围内的间接损失。
三、特殊情况下的被告确定
- 如果行政机关在诉讼过程中被撤销，那么行政诉讼的被告确定需遵循特定原则。一般来说，若有其他行政机关继续行使其职权，则以该继续行使职权的行政机关为被告；若没有继续行使其职权的行政机关，则以其所属的人民政府为被告；若被撤销的行政机关实行垂直领导，则以垂直领导的上一级行政机关为被告。
四、共同维护法治环境
- 行政机关应加强内部监督，提高工作人员的业务能力和法律意识，以防止类似情况再次发生。同时，公众在维护自身权益的同时，也应保持理性和客观态度，避免过度解读或误导性传播相关信息，共同维护良好的法治环境和社会秩序。
综上所述，当法院作出撤销行政行为的判决后，行政机关应立即停止执行该行为，深入分析原因并纠正错误，同时处理赔偿事宜；行政相对人则应关注自身权益的恢复情况，并在必要时依法维权。各方主体应依据法律规定和实际情况妥善处理后续事宜，以确保合法权益得到恢复和保护。