当员工被诊断出患有特殊疾病（这里我们可将其视为广义上的“特病”，包括但不限于职业病、癌症等严重疾病）时，公司应当采取一系列妥善且合法的处理措施。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、确认疾病性质与工伤认定
确认疾病是否属于职业病：
- 根据《中华人民共和国职业病防治法》，职业病是指劳动者在职业活动中因接触粉尘、放射性物质和其他有毒、有害因素而引起的疾病。
- 若员工所患疾病被认定为职业病，则应按照工伤处理流程进行。
工伤认定申请：
- 根据《工伤保险条例》，员工被诊断为职业病后，公司应在30日内向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
- 若公司未在规定时间内提出申请，期间发生的工伤待遇等费用将由公司承担。
二、提供必要的医疗与经济支持
医疗费用承担：
- 若员工已参加工伤保险，符合工伤保险赔付标准的医疗费用由工伤保险基金支付。
- 若公司未依法参加工伤保险，则医疗和生活保障费用由公司承担。
停工留薪期工资：
- 在停工留薪期内，员工原工资福利待遇不变，由公司按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可适当延长，但不得超过12个月。
伤残津贴与就业补助金：
- 若员工因病致残，根据伤残等级，公司可能需按月支付伤残津贴（如五、六级伤残）或支付一次性就业补助金。
三、尊重员工权益与合理调整工作安排
尊重员工医疗期：
- 员工因病需要治疗时，公司应尊重其医疗期，不得随意解除劳动合同。
- 医疗期内，公司应按照法律规定支付病假工资或疾病救济费。
合理调整工作安排：
- 若员工因病无法从事原工作，公司应与其协商调整工作岗位或安排居家办公等灵活工作方式。
- 未经劳动能力鉴定，公司不得以员工无法从事原工作为由解除劳动合同。
四、法律合规与风险防范
遵守相关法律法规：
- 公司应严格遵守《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》、《工伤保险条例》等相关法律法规。
- 不得违法解除与患病员工的劳动合同，否则将面临法律制裁。
建立完善的员工健康管理制度：
- 公司应建立完善的员工健康管理制度，定期组织员工进行体检，及时发现并治疗职业病。
- 同时，加强员工职业健康培训，提高员工自我保护意识。
五、具体案例参考
以您提到的法援故事为例，公司解雇患癌员工张女士的行为被仲裁庭和法院认定为违法解除劳动合同，因为张女士依法享有的医疗期尚未届满，且公司未进行劳动能力鉴定就与其解除劳动合同。最终，公司被裁决支付违法解除劳动合同赔偿金和医疗补助费。
总结
当员工被诊断出患有特殊疾病时，公司应首先确认疾病性质与工伤认定情况，然后提供必要的医疗与经济支持，尊重员工权益并合理调整工作安排。同时，公司应严格遵守相关法律法规，建立完善的员工健康管理制度，以防范法律风险。希望这些建议能对您有所帮助。