结论是：在工地上干活的农民工如果工资超发了五千元，是否需要扣回，取决于超发的原因、双方约定以及法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 超发原因与双方约定

• 若超发是由于财务或计算错误：

  • 根据一般的法律原则和劳动合同约定，如果超发是由于用人单位的财务或计算错误导致的，用人单位有权要求农民工返还超发的部分。这是因为农民工并没有合法依据获得这部分额外的工资，返还超发工资是合理的。
  • 建议：农民工应与用人单位进行友好协商，明确超发的原因，并协商返还的方式和时间。如果协商不成，用人单位可以通过法律途径要求返还。

• 若超发是由于双方约定或合同条款：

  • 如果双方在劳动合同或相关协议中明确约定了工资的计算方式、支付时间等，并且超发是由于这些约定或条款导致的，那么农民工有权保留超发的部分。因为这是双方自愿达成的协议，应当受到法律的保护。
  • 建议：农民工应仔细审查劳动合同和相关协议，确保自己的权益不受侵害。如果用人单位要求返还超发工资，农民工可以依据合同条款进行抗辩。

2. 法律规定与权益保护

• 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定：
  • 劳动者的工资应当按照劳动合同的约定和国家规定及时足额支付。如果用人单位超发工资，但劳动者并没有合法依据获得这部分工资，用人单位有权要求返还。
  • 同时，劳动者也有权获得自己应得的劳动报酬，用人单位不得无故克扣或拖欠。
• 若超发工资被要求返还，农民工的权益保护：
  • 农民工在面对用人单位要求返还超发工资时，应首先确认超发的原因和双方约定。如果超发是由于用人单位的错误导致的，农民工应配合返还，但也可以要求用人单位给予一定的补偿或宽限期。
  • 如果农民工认为用人单位的要求不合理或存在违法行为，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

3. 实际操作与建议

• 保留相关证据：
  • 农民工应保留与工资支付相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。这些证据在发生争议时将起到关键作用。
• 友好协商与法律途径：
  • 在面对超发工资的问题时，农民工应首先尝试与用人单位进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
  • 如果协商不成，农民工可以寻求法律援助或向当地劳动监察部门投诉，通过法律途径维护自己的权益。

总结来说，农民工在面对超发工资的问题时，应首先确认超发的原因和双方约定，然后根据法律规定和实际情况来决定是否需要返还超发部分。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。