农民工工资超过5000元，在减去法定费用和免税额后若仍有余额，则需要缴纳个人所得税。以下是详细解释：

一、税法规定与起征点

根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，工资、薪金所得是个人所得税的征税对象之一。对于居民个人而言，工资、薪金所得以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额，即通常所说的“起征点”为5000元。这意味着，只有当农民工的工资在减去法定费用和免税额后超过5000元时，才需要缴纳个人所得税。

二、应纳税所得额的计算

应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额 = 综合所得 - 基本减除费用（5000元/月） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。其中，专项扣除包括个人缴纳的社会保险费、住房公积金等；专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出。

三、实例分析

1. 无需纳税的情况：

   • 假设农民工小李每月工资为6000元，且个人缴纳了“三险一金”500元，同时享受子女教育专项附加扣除1000元。那么，小李的应纳税所得额 = 6000 - 5000（基本减除费用） - 500（专项扣除） - 1000（专项附加扣除） = -500元。由于应纳税所得额为负数，因此小李当月无需缴纳个人所得税。

2. 需要纳税的情况：

   • 假设农民工小张每月工资为8000元，且没有其他专项扣除和专项附加扣除等扣除项目。那么，小张的应纳税所得额 = 8000 - 5000（基本减除费用） = 3000元。根据个人所得税税率表，小张需要按照3%的税率缴纳个人所得税，即每月应纳个人所得税税额 = 3000 × 3% = 90元。

四、总结与建议

综上所述，农民工工资超过5000元是否需要交税，取决于其综合所得在减去法定费用和免税额后的余额是否超过起征点。建议农民工朋友在了解自身收入情况的基础上，合理利用税收优惠政策，减轻税负。同时，也可以咨询专业的税务人员或机构进行详细的了解和计算。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。