工资超过5000元应缴纳的个人所得税，需根据应纳税所得额及对应的税率和速算扣除数来计算。具体税额取决于工资收入、专项扣除、专项附加扣除以及其他依法确定的扣除项。

计算方法如下：

1. 确定应纳税所得额：

   • 应纳税所得额 = 月度收入 - 5000元（起征点） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。
   • 专项扣除包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等。
   • 专项附加扣除涵盖子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出。

2. 查找适用税率和速算扣除数：

   • 个人所得税税率表（综合所得适用，按月换算）如下：

• 根据应纳税所得额的范围，确定适用的税率和速算扣除数。

1. 计算应纳税额：
   • 计算公式为：应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。

举例说明： 假设小李月工资为10000元，每月专项扣除（五险一金等）为1000元，专项附加扣除（子女教育、房贷等）为2000元。

• 应纳税所得额 = 10000 - 5000 - 1000 - 2000 = 2000（元）
• 对照税率表，2000元适用税率为3%，速算扣除数为0。
• 应纳税额 = 2000 × 3% - 0 = 60（元）

因此，工资超过5000元应缴纳的个人所得税，需根据具体情况计算。在实际操作中，建议根据个人工资收入、专项扣除、专项附加扣除等具体情况进行计算，以确保准确缴纳税款。如有任何疑问或需要进一步了解个人所得税的相关政策，可以直接向我咨询。