结论是：拖欠工资一起发超过五千是否需要扣个税，取决于这笔工资是否属于一次性补偿收入以及具体的纳税规定，一般情况下，若属于正常工资薪金所得，超过五千部分需按个人所得税法规定纳税；若属于一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。以下从不同情况为你详细分析：

正常工资薪金所得情况

如果拖欠的工资在补发时，被视为正常工资薪金所得的一部分，那么就需要按照个人所得税法规定进行纳税。根据现行个人所得税法，工资薪金所得以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五。

计算公式： 应纳税所得额 = 每月收入额 - 5000元（起征点）- 专项扣除（如社保、公积金等）- 专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等） 应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

举例： 假设你每月工资为8000元，拖欠了3个月，一次性补发时，应纳税所得额计算如下（不考虑专项扣除和专项附加扣除）：

• 每月应纳税所得额 = 8000 - 5000 = 3000元
• 3个月应纳税所得额 = 3000 × 3 = 9000元
• 假设适用税率为10%，速算扣除数为210元（根据税率表确定）
• 应纳税额 = 9000 × 10% - 210 = 690元

一次性补偿收入情况

如果拖欠的工资在补发时，被视为一次性补偿收入（如解除劳动合同的一次性经济补偿等），那么纳税规定会有所不同。根据财政部、国家税务总局的相关规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》的有关规定，计算征收个人所得税。

举例： 假设你因解除劳动合同获得一次性经济补偿10万元，当地上年职工平均工资为3万元，3倍数额为9万元。

• 免税部分 = 9万元
• 应税部分 = 10 - 9 = 1万元
• 这1万元需要按照个人所得税法规定进行纳税，具体税额需根据应纳税所得额和适用税率计算。

特殊情况说明

• 补发工资的时间节点：如果补发工资跨越了多个纳税年度，可能需要根据每个纳税年度的实际情况分别计算纳税。
• 税收优惠政策：关注当地是否有针对补发工资的特殊税收优惠政策，如有，可按规定享受。

建议：

• 在补发工资前，与用人单位沟通确认工资的性质和纳税方式。
• 如有疑问，可向当地税务机关咨询或查询相关税收政策文件。

希望以上分析能对你有所帮助，如果有其他法律问题，欢迎直接向我咨询。