核心结论：公司因员工工作时间短而在离职时扣工资的行为，通常是不合法的，员工有权通过合法途径维护自己的权益。以下是具体分析和建议：

1. 法律分析：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论员工在公司工作的时间长短，公司都无权因离职而扣减工资。
   • 如果公司存在扣减工资的行为，这可能构成违法行为，员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能根据法律规定要求公司支付赔偿金。

2. 应对措施：

   • 与公司协商：首先，可以尝试与公司进行友好协商，明确表达自己的诉求，即要求公司补发被扣减的工资。在协商过程中，保持冷静和理性，避免情绪化。
   • 收集证据：如果协商无果，需要收集相关证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明公司存在扣减工资的行为。
   • 向劳动监察部门投诉：携带收集到的证据，向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门将会对此进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
   • 申请劳动仲裁：如果对劳动监察部门的处理结果不满意，或者公司拒绝执行劳动监察部门的决定，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将会根据双方提供的证据和法律规定，作出公正的裁决。

3. 注意事项：

   • 在整个过程中，保持冷静和理性，避免采取过激行为。
   • 确保收集到的证据真实、完整、有效，以便在需要时提供有力的支持。
   • 如果对法律程序不熟悉，可以寻求法律援助或者咨询专业律师（但在此场景下，你已直接向我咨询，我会为你提供必要的法律指导）。

总结：公司因员工工作时间短而在离职时扣工资的行为是不合法的。员工有权通过协商、投诉、劳动仲裁等合法途径维护自己的权益。如果你遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律指导和建议。