针对新员工入职一天就自离的情况，公司需要采取一系列合法且合理的措施来应对，以确保双方权益得到保障，并尽量减少由此带来的负面影响。以下是一些详细的建议：
一、确认事实并支付工资
确认自离事实：首先，公司需要确认新员工确实在入职一天后自离，这通常可以通过与该员工的直接上级、同事或人力资源部门沟通来核实。
支付实际工作天数工资：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司应按照新员工实际工作的天数支付工资。这是保障劳动者劳动报酬权益的基本要求，公司不能无故克扣工资。
二、评估损失并考虑赔偿
评估损失：如果新员工的自离行为给公司造成了实际损失（如招聘成本、培训资源的浪费等），公司需要对此进行评估。
要求赔偿（如有依据）：若公司能证明损失与新员工自离行为的因果关系，且该损失在法律上可追偿，公司有权要求新员工进行赔偿。但这一要求必须基于充分的证据和合理的法律依据。
三、做好记录并安排人员填补空缺
做好入职与离职记录：公司应做好新员工的入职登记和离职情况记录，包括入职时间、离职时间、离职原因等。这些记录在后续可能发生的劳动纠纷中具有重要的证据价值。
安排人员填补空缺：新员工的自离可能会导致公司岗位的空缺，公司应及时安排其他员工或招聘新员工来填补这一空缺，以确保业务的正常进行。
四、反思招聘与入职流程
反思招聘环节：新员工入职一天就自离，可能反映出公司在招聘环节存在一定问题。公司应反思招聘流程是否合理、招聘标准是否明确、面试评估是否准确等，以便优化招聘流程，提高招聘质量。
优化入职流程：同时，公司也应审视入职流程是否顺畅、入职培训是否充分等。一个良好的入职流程可以帮助新员工更快地融入公司，减少自离的可能性。
五、遵循法律程序与规定
在整个处理过程中，公司必须严格遵循《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保处理方式的合法性和合规性。避免因处理不当而引发劳动纠纷或法律风险。
综上所述，针对新员工入职一天就自离的情况，公司应确认事实并支付工资、评估损失并考虑赔偿（如有依据）、做好记录并安排人员填补空缺、反思招聘与入职流程，并始终遵循法律程序与规定。这样既能保障公司的合法权益，也能体现公司对新员工的尊重和关怀。