用人单位变更劳动合同主体从母公司到子公司，其他待遇不变，但员工不配合的情况下，用人单位和员工应分别采取以下措施：
用人单位角度
协商与沟通：
- 首要步骤是与员工进行充分的协商和沟通，解释变更劳动合同主体的原因和必要性，以及这一变更对员工权益的具体影响（在此案例中，其他待遇不变）。
- 强调变更的合法性和合理性，以及公司对员工权益的尊重和保护。
书面变更协议：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
- 因此，如果员工同意变更，双方应签订书面的劳动合同变更协议，明确变更后的主体、待遇等关键条款。
处理不配合情况：
- 如果员工坚持不配合，用人单位应谨慎处理，避免单方面强制变更，这可能构成违法解除劳动合同。
- 用人单位可以考虑提供额外的激励或补偿，以鼓励员工接受变更。
- 若协商无果，且变更对用人单位运营至关重要，用人单位可能需要考虑通过法律途径解决，如申请劳动仲裁，但需注意此举可能带来的法律风险和员工关系紧张。
员工角度
了解权益：
- 员工应首先了解自己的劳动合同和权益，包括劳动合同的变更、解除等相关规定。
- 明确变更劳动合同主体是否会影响自己的工资、福利、职位等关键权益（在此案例中，其他待遇不变，但员工仍需关注变更的合法性和后续影响）。
表达意见：
- 员工有权对变更劳动合同主体提出自己的意见和关切。
- 可以通过与用人单位协商、提出书面异议等方式表达自己的立场。
寻求法律援助：
- 如果员工认为用人单位的变更行为违法或侵犯了自己的权益，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工有权要求用人单位恢复原劳动合同或给予相应的经济补偿。
考虑后续行动：
- 如果员工决定不接受变更，且协商无果，员工需要做好后续行动的准备，如可能面临的解雇、经济补偿等。
- 员工应评估自己的职业发展和经济状况，做出最有利于自己的决策。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更需要双方协商一致，并采用书面形式。
- 用人单位单方面变更劳动合同主体可能构成违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。
- 员工在面对劳动合同变更时，应了解自己的权益和法律途径，做出明智的决策。
可能后果：
- 如果用人单位违法变更劳动合同主体，可能面临劳动行政部门的处罚和员工的法律诉讼。
- 员工如果不配合变更且无法通过协商解决，可能面临解雇的风险，但有权要求用人单位给予相应的经济补偿。
综上所述，用人单位和员工在面对劳动合同主体变更时，应充分协商、了解权益、遵守法律，以维护双方的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。