针对您提出的“公司入职体检发现员工有病的怎么处理”这一问题，我会结合相关法律法规和实际案例，为您提供一个清晰、详细且有深度的解答。

首先，我们需要明确的是，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，这是由《中华人民共和国就业促进法》等法律明确规定的。用人单位在招聘过程中，不得以传染病病原携带者等与工作内在要求没有必然联系的个人健康因素为由拒绝录用劳动者，否则将构成就业歧视，并需承担相应的民事责任。

一、处理原则

1. 尊重平等就业权：无论员工是否患有疾病，只要其符合岗位的基本要求，用人单位就应给予平等的就业机会。

2. 合法合规处理：在处理员工健康问题时，用人单位必须严格遵守相关法律法规，不得违法解除劳动合同或进行歧视性处理。

二、具体处理步骤

1. 核实病情与岗位关联性：

   • 用人单位应首先核实员工的病情是否与其所申请的岗位有直接关联，以及是否会影响其正常履行工作职责。
   • 如果病情与岗位无直接关联，且不影响员工正常工作，用人单位不应以此为由拒绝录用或解除劳动合同。

2. 提供合理便利：

   • 如果员工患有某种疾病，但经过治疗或调整后可以正常工作，用人单位应提供必要的合理便利，如调整工作岗位、工作时间等。

3. 依法处理医疗期问题：

   • 如果员工因病需要治疗，且处于医疗期内，用人单位应按照相关规定支付病假工资或疾病救济费，并不得解除劳动合同。
   • 医疗期满后，如果员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。但在此情况下，用人单位可能需要支付额外的医疗补助费。

4. 避免就业歧视：

   • 用人单位在招聘和用工过程中，应避免对患有某种疾病的劳动者进行歧视性处理。如以“岗位取消”或无理由拒绝录用等方式规避法律责任，将构成就业歧视。

三、案例参考

以重庆市第五中级人民法院审理的一起因乙肝病原携带者求职被拒引发的平等就业权纠纷案为例，法院认定用人单位在招聘活动中以与“工作内在要求”没有必然联系的个人健康因素对乙肝病原携带者进行区别对待，构成就业歧视，并判决用人单位承担侵害劳动者平等就业权的民事责任。这一案例充分说明了用人单位在处理员工健康问题时应遵循的法律原则。

四、建议

1. 完善招聘流程：用人单位应在招聘流程中明确健康检查的标准和目的，确保与工作内在要求相关联。

2. 加强法律培训：用人单位应加强对管理人员的法律培训，提高其对就业歧视等法律问题的认识和处理能力。

3. 建立沟通机制：用人单位应与员工建立有效的沟通机制，及时了解员工的健康状况和工作需求，共同协商解决方案。

综上所述，公司在入职体检发现员工有病时，应遵循尊重平等就业权、合法合规处理的原则，根据病情与岗位的关联性、医疗期规定等因素进行合理处理，并避免就业歧视行为的发生。