当员工已经入职但体检结果不合格时，处理方式主要依赖于公司的具体政策、体检不合格的原因以及员工的健康状况。以下是一些建议的步骤和考虑因素：

一、与人事部门沟通

1. 及时了解情况：首先，员工应与人事部门或相关负责人取得联系，详细了解体检不合格的具体项目和原因。
2. 查阅公司政策：了解公司对于体检不合格员工的处理规定，包括是否有复检的机会、复检的流程以及可能的后果。

二、根据体检结果判断

1. 轻微异常：如果体检结果只是轻微异常，且不影响员工的正常工作能力和健康安全，公司可能会给予定期复查的机会，或者在员工同意的情况下进行复检。
2. 严格项目不合格：对于某些关键或严格的体检项目不合格，如传染病、严重疾病等，公司可能会根据政策要求员工离职或调岗。

三、复检与申诉

1. 申请复检：如果公司允许，员工可以申请在原体检医院或指定医院进行复检，以确保结果的准确性。
2. 申诉流程：如果员工对体检结果有异议，可以向公司提出申诉，并要求重新进行体检或提供其他证明健康状况的材料。

四、考虑员工健康与公司需求

1. 员工健康：公司应优先考虑员工的健康状况，如果体检不合格是由于可治疗的疾病或可调整的健康状况导致的，公司可以给予员工一定的治疗时间和支持。
2. 公司需求：在保障员工健康的前提下，公司也需要考虑自身的业务需求。如果员工的健康状况确实无法胜任当前岗位，公司可以与员工协商调岗或解除劳动关系。

五、法律与合规性

1. 法律规定：虽然目前没有明确的法律规定要求公司必须进行入职体检，但公司应确保入职体检的过程和结果符合相关法律法规的要求，避免侵犯员工的隐私权和其他合法权益。
2. 合规操作：公司在处理体检不合格员工时，应遵循公平、公正、合法的原则，确保处理过程透明、合规。

综上所述，当员工入职后体检不合格时，公司应综合考虑员工的健康状况、公司需求以及法律法规的要求，与员工进行积极沟通，并采取相应的处理措施。同时，员工也应积极配合公司的处理流程，确保问题得到妥善解决。