结论：是否合法需分情况讨论，主要取决于奖金性质、劳动合同约定及公司规章制度是否合法有效。以下从不同角度展开分析：

1. 若奖金属于“固定薪酬”或“与业绩无关的福利性奖金”

根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应按劳动合同约定足额支付劳动报酬。若奖金是每月固定发放的组成部分（如“十三薪”“季度固定奖”），或公司规章制度明确规定为无条件福利，则客户退款导致公司损失时，公司无权单方扣除该部分奖金。
例外：若员工存在故意或重大过失导致退款（如欺诈客户），公司可依据《民法典》第一千一百六十五条主张赔偿，但需通过法律程序追偿，而非直接扣发奖金。

2. 若奖金属于“业绩提成”或“与回款直接挂钩的浮动奖金”

若劳动合同或公司规章制度明确约定“奖金以客户实际付款为前提”（如“回款后发放提成”），且该条款不违反法律强制性规定（如最低工资标准），则客户退款导致未实际回款时，公司有权不发放或扣回已发放的奖金。
关键点：

• 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
  
• 条款内容需明确、具体，避免“模糊扣款”引发争议。

3. 若公司规章制度违法或未履行告知义务

根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位通过民主程序制定的规章制度，需向劳动者公示或告知。若公司未履行该程序，或规章制度中“扣款条款”违反法律（如“扣款后工资低于最低工资标准”），则扣款行为违法，员工可主张补发并要求赔偿。

4. 实务建议

• 对员工：若公司无故扣款，可先协商，协商不成可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，需准备劳动合同、工资条、规章制度等证据；
  
• 对公司：若需扣款，应在合同或制度中明确约定条件，并保留员工过错证据（如客户投诉记录、退款原因说明），避免违法风险。

总结：奖金能否扣除需结合性质、约定及程序合法性判断。如有具体案例或合同条款，可进一步提供细节，我将为您详细分析。