结论前置：员工来上班了但没有扫脸，公司直接扣50元是否违法，需结合具体情况判断，但一般情况下，公司无权仅因员工未扫脸就直接扣款，除非该扣款行为有明确的规章制度支持且符合法律规定。

1. 公司规章制度的角度

• 规章制度需合法且经民主程序制定：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司关于“未扫脸扣款”的规章制度未经上述民主程序制定，或者内容违法（如扣款金额过高、无合理依据等），则该规章制度对员工不具有约束力。
• 扣款需有明确依据：即便规章制度合法，扣款也需有明确的依据，如员工未扫脸导致公司无法准确记录考勤、造成经济损失等，且扣款金额需合理。如果公司仅以“未扫脸”为由直接扣款，而无其他合理依据，则可能构成违法。

2. 劳动法的角度

• 工资支付原则：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司以“未扫脸”为由直接扣款，且该扣款不属于法律规定的可以扣减工资的情形（如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿、经用人单位同意由劳动者本人负担的社保费用等），则可能构成克扣工资，违反法律规定。
• 扣款金额的限制：即便存在可以扣减工资的情形，扣款金额也需合理。根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果公司扣款金额超过此限制，则可能构成违法。

3. 实际操作中的建议

• 员工应了解公司规章制度：员工在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于考勤、工资支付等方面的规定。如果发现规章制度存在违法或不合理之处，应及时向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
• 公司应完善规章制度并依法执行：公司应制定合法、合理的规章制度，并确保其经过民主程序制定、公示并告知员工。在执行规章制度时，应依法进行，避免违法扣款等行为。
• 双方应积极沟通解决争议：如果员工对公司扣款行为有异议，应与公司积极沟通协商解决。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自己的合法权益。

总结：员工来上班了但没有扫脸，公司直接扣50元是否违法需结合具体情况判断。一般情况下，公司无权仅因员工未扫脸就直接扣款。如果公司存在违法扣款行为，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。