公司因员工没打卡扣款是否违法，需根据具体情况判断。以下是详细分析：
企业无罚款权：
- 罚款是行政机关的行政处罚措施，企业作为非行政机关，不具备行政处罚权。因此，直接对员工进行罚款，在未经合法程序制定相关规章制度的情况下，是违法的。
规章制度的合法性：
- 若公司的规章制度经过合法程序制定（如经职工代表大会讨论、与工会协商确定等），并向员工公示或告知，其中明确规定了不打卡的合理惩戒措施（如扣除对应工时的工资），则按照制度执行可能不被认定为违法。这要求规章制度的制定程序和内容均符合法律规定。
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资。若企业以罚款形式扣除员工工资，且该规章制度未履行合法程序或本身不合理，则属于克扣工资的违法行为。
实际情况判断：
- 具体是否违法还需考虑罚款金额是否合理、是否违反了相关法律法规，以及是否经过了员工的同意或知晓。如果罚款金额过高或未经员工同意，可能构成违法。
综上所述，公司因员工没打卡扣款是否违法，关键在于公司是否有合法且合理的规章制度作为依据，以及扣款行为是否符合相关法律法规的规定。若公司规章制度合法且扣款行为合理，则可能不被认定为违法；反之，则可能构成违法。因此，建议公司在制定相关规章制度时，务必确保合法性和合理性，并遵循相关法律法规的规定。同时，员工在面对此类情况时，也应了解自己的权益和法律法规，以便在必要时维护自己的合法权益。